Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,774,325 | A→G | A336A (GCA→GCG) | yfjW → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein YfjW |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,774,325 | 0 | A | G | 96.7% | 205.0 / ‑2.0 | 61 | A336A (GCA→GCG) | yfjW | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein YfjW |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (23/36); total (24/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-01 |
CATACAAGGTGAATCCGCTGATGTGATGCCTAAAGCAGCATCCAGGTTAAGTTTGAGCAAGCAAGATGATAAATTTATGCTAGCCTCAAGTGTTACTGACTCTCAAATAAAATTTAAATCAAACAATGCACAATTGATGGTTGCTTTCGCATTTATGCCAATAACAACGAATGGTATTTTACATGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAG > NC_000913/2774196‑2774450 | cATACAAGGTGAATCCGCTGATGTGATGCCTAAAGCAGCATCCAGGTTAAGTTTGAGCAAGCAAGATGATAAATTTATGCTAGCCTCAAGTGTTACTGACTCTCAAATAAAATTTAAATCAAACAATGCGCaa < 1:87846/133‑1 (MQ=255) tACAAGGTGAATCCGCTGATGTGATGCCTAAAGCAGCATCCAGGTTAAGTTTGAGCAAGCAAGATGATAAATTTATGCTAGCCTCAAGTGTTACTGACTCTCAAATAAAATTTAAATCAAACAATGCGCAAtt > 1:345254/1‑133 (MQ=255) ggTGAATCCGCTGATGTGATGCCTAAAGCAGCATCCAGGTTAAGTTTGAGCAAGCAAGATGATAAATTTATGCTAGCCTCAAGTGTTACTGACTCTCAAATAAAATTTAAATCAAACAATGCGCAATTGATgg > 2:529369/1‑133 (MQ=255) aTCCGCTGATGTGATGCCTAAAGCAGCATCCAGGTTAAGTTTGAGCAAGCAAGATGATAAATTTATGCTAGCCTCAAGTGTTACTGACTCTCAAATAAAATTTAAATCAAACAATGCGCAATTGATGGTTGCt > 2:579718/1‑133 (MQ=255) 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tAAATCAAACAATGCGCAATTGATGGTTGCTTTCGCATTTATGCCAATAACAACGAATGGTATTTTACATGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACct < 1:158788/133‑1 (MQ=255) tAAATCAAACAATGCGCAATTGATGGTTGCTTTCGCATCTATGCCAATAACAACGAATGGTATTTTACATGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGACAATCATATTGCACct > 1:256230/1‑133 (MQ=255) aCAATGCGCAATTGATGGTTGCTTTCGCATTTATGCCAATAACAACGAATGGTATTTTACATGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAg > 2:526700/1‑133 (MQ=255) | CATACAAGGTGAATCCGCTGATGTGATGCCTAAAGCAGCATCCAGGTTAAGTTTGAGCAAGCAAGATGATAAATTTATGCTAGCCTCAAGTGTTACTGACTCTCAAATAAAATTTAAATCAAACAATGCACAATTGATGGTTGCTTTCGCATTTATGCCAATAACAACGAATGGTATTTTACATGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAG > NC_000913/2774196‑2774450 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |