Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,850,185 | T→C | V450A (GTT→GCT) | sppA → | protease IV, a signal peptide peptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,850,185 | 0 | T | C | 96.7% | 101.0 / NA | 31 | V450A (GTT→GCT) | sppA | protease IV, a signal peptide peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (18/11); minor base G (0/1); total (19/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGC > NC_000913/1850071‑1850314 | aCTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCCTACTGATGGTGtctc > 1:248761/1‑133 (MQ=255) aCTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGtctc < 2:248761/133‑1 (MQ=255) gATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCAATTGGTGATCAGACGGATGGTGTCTCAACt > 1:203074/1‑133 (MQ=255) cATTGTGGCTAACCCTAGCACCCTGACCTGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCt < 2:292207/133‑1 (MQ=255) tgtgGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGCAGAAAGTAGTCTGGATTCGATTGGTTCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGGGGATGTTTCTATc > 1:341867/1‑133 (MQ=255) gtgGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCa > 2:48469/1‑133 (MQ=255) ggCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCAcc > 1:618587/1‑133 (MQ=255) gCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCa > 2:86445/1‑133 (MQ=255) gCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCCCTGACGGATGTTTATATCACCa > 1:250521/1‑133 (MQ=255) cTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAg > 2:566514/1‑133 (MQ=255) ccAGCACCCTGACCGCTTCTATCGGTATCTACGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACt < 1:234915/133‑1 (MQ=255) gCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCCACTTCACCCCTGCCGGTTGTTTCTATCACCCGGGCACTgcc > 2:202368/1‑133 (MQ=255) gCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCAGGCGGATATTTCTAGCACCAGGGCACTgcc > 1:178902/1‑133 (MQ=255) cACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTgccg > 1:55339/1‑133 (MQ=255) acctgTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAg > 1:634851/5‑133 (MQ=255) ccGGTTCTATTGGTAGCTTCGGCGCGATCACCCCCGTAGAACATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAgc < 2:178902/133‑1 (MQ=255) ccGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAgc < 2:611160/133‑1 (MQ=255) gTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCa < 2:618587/133‑1 (MQ=255) gTTCTATCGGGATCTGCGGCGTGATCACCACCTTAGAAAATGGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCa < 2:230824/133‑1 (MQ=255) ggTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCtgatga < 1:559296/133‑1 (MQ=255) ggTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCtgatga < 1:524430/133‑1 (MQ=255) aTCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCTCTGGCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGc > 2:174060/1‑133 (MQ=255) tCGGCGTGATCACCGCCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCATCTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGtt < 2:341867/133‑1 (MQ=255) cGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTa > 2:588622/1‑133 (MQ=255) cGTGATCACCCCCGTCGAAAATAGACTGGATTCGATTGGTGGTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGc < 2:213584/133‑1 (MQ=255) gTGATCACCACCGTAGAAAATAATCTGGATACGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCa < 1:202368/133‑1 (MQ=255) accaccGTAGAAAATTGTCTGGATCCGATTGGTGCTCATACCGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTgaga < 2:250521/133‑1 (MQ=255) tAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCta > 1:595424/1‑133 (MQ=255) tAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCAGATGATGCAGTGAAGCATTGACAATGGCta > 1:236489/1‑133 (MQ=255) aGTCTGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGCATGGCTGTAAACGCt > 1:295903/1‑133 (MQ=255) tGGATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTAAAGCATTGAGAGTGGCTATAAACGCTTTAt > 1:200459/1‑133 (MQ=255) ggATTCGATTGGTGCTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGCTGATGCAGGTAAACATAGAGAATGGGTATAGACGCTTTATc > 2:196191/1‑133 (MQ=255) gtgcTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGc > 2:451446/1‑133 (MQ=255) | ACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGC > NC_000913/1850071‑1850314 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |