| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 249,530 | (A)5→4 | pseudogene (541/1713 nt) | lfhA ← | flagellar system protein, promoterless fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 249,526 | 0 | A | . | 97.7% | 173.1 / ‑2.1 | 44 | pseudogene (545/1713 nt) | lfhA | flagellar system protein, promoterless fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (19/24); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACG > NC_000913/249391‑249657 | tCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCGAGCCGGTGAAAACAGGCAGGGAGCTGAACAGCaaaac > 1:226773/1‑139 (MQ=255)tCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCACCAACCGGTAAAACCACGCAGAGCGCTGAACAGCaaaac > 2:285185/1‑139 (MQ=255) cTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAgg > 1:443655/1‑140 (MQ=255) tGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAggg > 2:827052/1‑139 (MQ=255) tGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGt > 1:766765/1‑140 (MQ=255) aCCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGc > 1:279762/1‑140 (MQ=255) aCCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCCCCAGCCGGGAAAACCAAGCAGGGCGCTGAATAGC‑AAAACGGCAGGGGc > 2:287264/1‑140 (MQ=255) tgctgcTCGCTGGTTTCGGTGAAGGGGCGTGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGc < 1:287264/140‑1 (MQ=255) tgctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCAtt < 1:662258/140‑1 (MQ=255) ctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGTAGGGCGCAGAAAAG‑AAAAACGGCAGGTGCGGCATTcc > 1:331951/1‑140 (MQ=255) cGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGGGCGGCATTCCCg > 2:674535/1‑140 (MQ=255) gTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTacc > 1:766904/1‑140 (MQ=255) gTGATGTTGGGGGTCACAGTTTCGAGGCTTTTCCCATCCTCCGCCGCCTCCAGCGGCTGTTTCCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGcc < 2:226773/140‑1 (MQ=255) gTGATGGTGCGGGTCAGGGTTTGGAGGCTTTGCTCGTCCTCCTCCGCCCCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGcc < 2:302953/140‑1 (MQ=255) gTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGcc < 2:766765/140‑1 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGTTTTTCTCTCCCGCCTCGGCCGCCGGGGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCa < 2:660394/140‑1 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCGTTCCCGGGACCACCGCCAGcc > 2:116536/1‑139 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCa > 1:54418/1‑140 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCa < 1:674535/140‑1 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCa < 1:742061/140‑1 (MQ=255) ggTGGGGGTCAGCGTTTCGGGGTTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGGGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCAc < 2:443655/140‑1 (MQ=255) gTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAACCGGCAGGCGCGCCAGTCCCGGTACCACCGCCAGCACg > 1:296819/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCAGCGTTTCGGGGCTTGTCTCTCCCCCCCCCGCCGCCGGCGGTTGTTTGCTCACCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGaa < 2:306583/140‑1 (MQ=255) ggTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCCGGTGCGGGATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACAt > 1:260879/1‑140 (MQ=255) cAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCACCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAAt < 2:752272/140‑1 (MQ=255) aGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGTGGCGGCATTCCCGGGAACACCACCAGCACGAACATAATc > 2:239580/1‑140 (MQ=255) aGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTACCGGTACCACCGCTAGCACGAACATAATc > 1:267317/1‑140 (MQ=255) cGTTTCGAGGCTTTTGTCTTCCACCTCCGACGCCAGCTGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATccc < 1:285185/140‑1 (MQ=255) ggAGGCTTTTCTCTCCCCCCCCCGCGGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTgg < 1:777518/139‑1 (MQ=255) cggggCTTTTCTCTTCCGCCCCTGCCGCCAGGGGCGGTTTGCTCATCCCCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTgg < 2:279762/137‑1 (MQ=255) cGAGGTTTTTCTCTCCCGCCCCCGCCGCCGGCGGCTTTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTgg < 2:766904/140‑1 (MQ=255) cGAGGCTTTTCTTTTCCCCCTCCCCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTgg < 2:568562/140‑1 (MQ=255) cGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCCGGATTCCCGGTACCCCCTCCAGCACGAACATAATccccgggg > 2:783762/1‑135 (MQ=255) ggctttttCTCTTCCGCCCCCGGCGCCAGCGCCTGATTGATCACCCGCGAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCg < 2:331951/136‑1 (MQ=255) cTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGgtg > 1:783627/1‑140 (MQ=255) ctctTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTagag < 1:827052/140‑1 (MQ=255) cctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACg > 1:484212/1‑140 (MQ=255) cctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACg > 1:494487/1‑140 (MQ=255) ggCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCagcagc < 2:783627/140‑1 (MQ=255) gCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACg > 1:118521/1‑140 (MQ=255) tCATCCGCCAGCCGGTAAAACCTAGCAGGGCCCTGGACATC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCa < 2:286609/140‑1 (MQ=255) cGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCa < 2:494487/140‑1 (MQ=255) cGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCa < 2:484212/140‑1 (MQ=255) aGCCGGTAAAACCAACCAGGGCGCTCAACTGC‑AAAACAGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATggg < 1:239580/140‑1 (MQ=255) ggCGCTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCt > 1:457283/1‑140 (MQ=255) cTGAACAGC‑AAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGAcg < 1:616128/140‑1 (MQ=255) | TCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACG > NC_000913/249391‑249657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |