| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,367,774 | (C)6→7 | intergenic (+132/‑53) | yhcF → / → yhcG | DUF1120 domain‑containing protein YhcF/DUF1016 domain‑containing protein YhcG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,367,768 | 1 | . | C | 94.6% | 187.5 / 2.7 | 56 | intergenic (+126/‑59) | yhcF/yhcG | DUF1120 domain‑containing protein YhcF/DUF1016 domain‑containing protein YhcG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (26/27); total (27/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑C‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCG > NC_000913/3367629‑3367896 | tAGTCTACTTGTGATAACAATGTCGGACAGGAGAACTATCAGGCATTCTTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCa < 2:400487/140‑1 (MQ=255) aGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c < 1:178587/140‑1 (MQ=255) tCTACTTGTGATAACAAGGCCGAACAGGAGTACTACCAGGCATTCGTTCTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑c < 2:262486/140‑1 (MQ=255) aCTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑cc < 1:684419/140‑1 (MQ=255) aCTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑cc < 1:785573/140‑1 (MQ=255) cTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑ccc > 1:547284/1‑139 (MQ=255) cTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑ccc < 1:424914/140‑2 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑ccca > 2:9343/1‑138 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑ccca < 2:543490/140‑3 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑ccca < 1:616018/140‑3 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑cc‑ccca < 1:624135/140‑3 (MQ=255) gATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGt > 1:106392/1‑140 (MQ=255) aTAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGta > 1:792839/1‑140 (MQ=255) aTAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGta > 2:119238/1‑140 (MQ=255) aTAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑c > 1:201318/1‑130 (MQ=255) aTAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑c‑c‑c < 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ttCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAAAACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCata > 2:519907/1‑140 (MQ=255) tataCGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAggg < 2:792839/140‑1 (MQ=255) tCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATa > 2:522502/1‑140 (MQ=255) ttAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATgg > 2:183106/1‑140 (MQ=255) aaTGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAg < 2:365828/125‑1 (MQ=255) aaTGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAg > 1:365828/1‑125 (MQ=255) aTGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAAt < 1:801019/140‑1 (MQ=255) tttCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATaa > 2:594887/1‑131 (MQ=255) tttCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATaa < 1:594887/131‑1 (MQ=255) tCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGctc > 2:802794/1‑140 (MQ=255) tCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGctc > 1:170549/1‑140 (MQ=255) tCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGctc > 1:117749/1‑140 (MQ=255) aGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACGGATAATGGAATCGCtctc > 2:118168/1‑140 (MQ=255) aGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAAATTAGCTCGATATAAAGTGACACATAATGGAATCGCtctc > 2:318330/1‑140 (MQ=255) aaaGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGa < 1:522502/140‑1 (MQ=255) aaGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGaa < 2:106392/140‑1 (MQ=255) aaGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAAAACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGaa < 1:519907/140‑1 (MQ=255) ttGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCt > 1:785503/1‑140 (MQ=255) ggAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCa < 1:802794/140‑1 (MQ=255) aGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCaa > 1:112814/1‑140 (MQ=255) aaaTGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATc < 2:112814/140‑1 (MQ=255) ggTAATACGCTGTTCTTAATTGCTCCGTGTTCA‑C‑C‑CCGCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCac < 1:259556/139‑1 (MQ=255) tAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 2:547284/140‑1 (MQ=255) tAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 2:768434/140‑1 (MQ=255) tAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 2:785503/140‑1 (MQ=255) tAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 1:190220/140‑1 (MQ=255) tAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 1:183106/140‑1 (MQ=255) tACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑CAC‑CC‑CCAGCGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACgg < 1:296172/140‑1 (MQ=255) tACGCTGTTCTTAATTGTTCAGCGCTCACC‑C‑CC‑CCAGTGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACgg < 1:318330/140‑1 (MQ=255) aCGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGt > 1:571531/1‑140 (MQ=255) gCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGtat < 1:825939/140‑1 (MQ=255) ttCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTGTCAGAAGGGACCGCAGTAGGCTACCTGCAATTCCACGACGGtattatc > 2:259556/1‑139 (MQ=255) ttCTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTattatt > 1:564170/1‑140 (MQ=255) cTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga > 1:686769/1‑128 (MQ=255) cTTAATTGTTCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 2:686769/128‑1 (MQ=255) ttCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCg > 2:665828/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGCTCACC‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCg > 2:806324/1‑140 (MQ=255) | TAGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCA‑C‑C‑CC‑CCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCG > NC_000913/3367629‑3367896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |