| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 868,422 | (C)8→9 | coding (903/1872 nt) | gsiA → | glutathione ABC transporter ATP binding subunit GsiA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 868,414 | 1 | . | C | 90.5% | 131.8 / 6.9 | 42 | coding (895/1872 nt) | gsiA | glutathione ABC transporter ATP binding subunit GsiA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (18/20); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
AACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGT > NC_000913/868280‑868547 | aaCAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑ccc‑cc < 2:19612/140‑1 (MQ=255)aaCAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑ccc‑cc > 1:670471/1‑140 (MQ=255) ttCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑ccc‑cc‑cccccctcg < 2:63167/140‑7 (MQ=255) ccGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGaaaa < 1:510266/140‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa < 2:815315/140‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa < 1:679273/140‑1 (MQ=255) cGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa < 1:95846/140‑1 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTTTTCCCCAACTTGGTGCGTTGACAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc < 2:325190/140‑1 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGCGCAGAAAAAGGGGGGGGGTGGctgtcc > 1:575762/1‑135 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACg < 1:144706/123‑1 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACg > 2:144706/1‑123 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc > 1:679874/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc > 2:458008/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc > 2:186078/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc > 2:8308/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc < 1:571652/140‑1 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑CCCTCC‑CCCATTGAGTAGAAAACGGAGGTGGATGGCGAAcc > 1:325190/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑CCCACC‑CCCATTGAGGAGAAAACGGGGGTGGATGGCGAAcc > 1:226124/1‑140 (MQ=255) gTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCCCAACTTGGTGCGTTGACAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc < 2:271968/140‑1 (MQ=255) tGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc < 2:814985/139‑1 (MQ=255) tGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAAcc > 1:814985/1‑139 (MQ=255) tGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGtttt > 2:528815/1‑140 (MQ=255) ttAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATGGAGCAGAAAACAGTCGTGGATGGCGAACCTGTTTTAc > 1:396773/1‑140 (MQ=255) ttAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACg < 1:432726/140‑1 (MQ=255) tAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACg < 1:128714/140‑1 (MQ=255) aGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGa < 1:458008/140‑1 (MQ=255) ttCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTaa < 1:186078/140‑1 (MQ=255) aCTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTc > 2:27545/1‑140 (MQ=255) tGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCAcc > 2:585239/1‑140 (MQ=255) ggTTAGATTATCCCCGACGTTTTCCGTTGATTTCGCTTGCACATCCAGAGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCATAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTgcg < 2:226124/140‑1 (MQ=255) gATTATCCTCGACGTTACCCGTCGATATCGCATTACCATTCAGCGAAATAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCg < 2:396773/140‑1 (MQ=255) gATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCg < 1:528815/140‑1 (MQ=255) tCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTATCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTttg > 1:394362/1‑140 (MQ=255) ccGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTttgttg < 1:27545/140‑1 (MQ=255) gACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGaa < 2:679874/140‑1 (MQ=255) tCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACGCGTTTCCCTTTGTGCAGAGGTTTGTTGAATCGCGt > 2:330958/1‑140 (MQ=255) atCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGaa < 1:174516/140‑1 (MQ=255) cTTGAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTACGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGGGc > 1:283810/1‑140 (MQ=255) gAACATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATg < 1:8308/140‑1 (MQ=255) aaCATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGc > 1:14437/1‑140 (MQ=255) aCATCCAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGcc > 2:133972/1‑140 (MQ=255) cAGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTga > 2:84123/1‑140 (MQ=255) aGCGAAACCGG‑‑CCC‑CCTCCCATTGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGCACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTgag < 2:394362/140‑1 (MQ=255) aGCGAAACAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTgag > 2:592877/1‑140 (MQ=255) aaCAGGC‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGt < 1:585239/140‑1 (MQ=255) | AACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑‑CCC‑CC‑CCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGT > NC_000913/868280‑868547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |