Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 91.7% | 113.1 / 3.9 | 36 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base C (24/9); total (27/9) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.21e-01 |
ATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTA > NC_000913/1211942‑1212209 | atGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑c > 2:93993/1‑140 (MQ=255) gCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑cccc > 1:652072/1‑140 (MQ=255) tGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGACTTAGCATATCAGTATATTA‑cccccc > 1:388731/1‑140 (MQ=255) aCCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCaaaaaaa > 2:589112/1‑140 (MQ=255) ggTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAaattaatt > 2:755619/1‑140 (MQ=255) gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAattaatta > 2:83548/1‑140 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 1:745600/1‑140 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTTCTATCCACTCCATGTGTTATGGCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:242047/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:602569/140‑1 (MQ=255) ccGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATAGGAGTATATCA‑CCCCCCTCCTCAAAAAAATAGATTAATTAAAATGATgg > 2:300322/1‑140 (MQ=255) cAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtata > 1:22949/1‑140 (MQ=255) aTTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtatata < 1:46176/140‑1 (MQ=255) tACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaa > 2:158255/1‑140 (MQ=255) tcgaCTTCATTTGTTATGGCTTATCCGACGGTATTTAATATGGTTCATTATGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaataaa > 2:203145/4‑140 (MQ=255) gTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAg > 1:437070/1‑140 (MQ=255) gTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAg > 1:137820/1‑140 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 2:437070/140‑1 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:536511/1‑140 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:74427/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 2:789266/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:559833/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:39682/1‑140 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:207926/1‑140 (MQ=255) cATTAGGATGTTTCTTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag < 2:260101/136‑1 (MQ=255) cATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 1:260101/1‑136 (MQ=255) tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa > 1:88372/1‑140 (MQ=255) tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa > 1:60417/1‑140 (MQ=255) tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa < 1:39682/140‑1 (MQ=255) ttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCaa > 1:696082/1‑140 (MQ=255) ttCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATaaa < 1:755619/140‑1 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAattatt < 2:536511/140‑1 (MQ=255) gATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAattatt > 1:615467/1‑140 (MQ=255) ttGCATATGAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACt < 2:696082/140‑1 (MQ=255) gAGTATATTACCCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTa > 1:152232/1‑140 (MQ=255) | ATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCC‑CCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTA > NC_000913/1211942‑1212209 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |