Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,353,504 | G→A | H183Y (CAC→TAC) | yhcC ← | radical SAM family oxidoreductase YhcC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,353,504 | 0 | G | A | 97.1% | 111.2 / NA | 34 | H183Y (CAC→TAC) | yhcC | radical SAM family oxidoreductase YhcC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (14/19); minor base C (0/1); total (14/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTTTCGCCATAATGCTGCCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTGGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGCCACACTTCG > NC_000913/3353371‑3353637 | gCTTTCGCCATAATGCTTCCTTTCACAATATCCAGCGGAGGCAGCTTTCTGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAaca < 2:263787/140‑1 (MQ=255) ttCGCCATAATGCTGCCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAaca < 2:762364/137‑1 (MQ=255) ttCGCCATAATGCTGCCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAaca > 1:762364/1‑137 (MQ=255) cGCCATAATGCTGCCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCt > 2:758159/1‑140 (MQ=255) gcCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCt < 1:471099/140‑1 (MQ=255) gcCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCt < 1:114488/140‑1 (MQ=255) tCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGt < 1:677623/140‑1 (MQ=255) cagatatGCAGCGGATGAAGCTTTATGCCGTGCACTCCGTTTTCAACCTCTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGc < 2:286425/137‑1 (MQ=255) atatGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAg < 2:591059/140‑1 (MQ=255) atGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCt < 2:114229/140‑1 (MQ=255) tGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCTAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTg > 2:461222/1‑140 (MQ=255) tGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCAGACAATTATGTACGAAGACACCTTCGGCCCACGCTGACGTGCCAGCTg > 2:220821/1‑140 (MQ=255) cGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTg > 1:55315/1‑140 (MQ=255) aTGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAAGACAACTTAAGCCCGCGCTGACTTGCCAGCTGGGTTGTAc > 2:309264/1‑140 (MQ=255) aTGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTAc < 1:779692/140‑1 (MQ=255) aTGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCACGGTGACGTACCAGCTGGGTTgctg > 1:286425/1‑137 (MQ=255) gCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGc > 2:46110/1‑140 (MQ=255) tttATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATa < 2:740476/140‑1 (MQ=255) tGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAg > 2:638092/1‑140 (MQ=255) tCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCaaa > 1:541121/1‑140 (MQ=255) aaCCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGt < 1:758159/140‑1 (MQ=255) aaCCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGt < 1:47565/140‑1 (MQ=255) cTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTgatg < 1:46110/140‑1 (MQ=255) cTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTgatg < 2:541121/140‑1 (MQ=255) tCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTgatgc < 1:154973/140‑1 (MQ=255) gCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTgatgcga > 2:694522/1‑140 (MQ=255) cccTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTa > 2:564342/1‑140 (MQ=255) cccTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAAACATGGCCGGGGTGGATGCGATGCAGTGTTTGGTCGTGGGCGGTTTGTa > 2:215233/1‑140 (MQ=255) ggcCGACAATTAAGTCGGAACACACATTCAGCCCGCGTTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGc < 1:309264/140‑1 (MQ=255) ccGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGc < 1:29908/138‑1 (MQ=255) ccGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGc > 2:29908/1‑138 (MQ=255) ccGACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGCca < 1:189767/140‑1 (MQ=255) gACAATTAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGCcaca < 2:718446/140‑1 (MQ=255) ttAAGTAGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGCCACACTTCg < 2:55315/140‑1 (MQ=255) | GCTTTCGCCATAATGCTGCCTTTCACAATATGCAGCGGATGCAGCTTTATGCCGTCCACGCCGGTTTCAACCACTCGCTCCAGCGTTTGCAAACATTCAGCCTGCCCTTCGCCAGGCAGGCCGACAATTAAGTGGGAACACACCTTCAGCCCGCGCTGACGTGCCAGCTGGGTTGTACGCTGATAACAGGCAAAATCATGGCCGCGGTTGATGCGATGCAGTGTTTTGTCGTGGGCGGTTTGTAGCCCCAGCTCCAGCCACACTTCG > NC_000913/3353371‑3353637 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |