| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,577,861 | A→G | I33T (ATA→ACA) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,577,861 | 0 | A | G | 98.3% | 208.6 / NA | 60 | I33T (ATA→ACA) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (29/30); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTT > NC_000913/4577733‑4577995 | ttCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGAGTGGCTTCAAgg > 1:652491/1‑140 (MQ=255)ttCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATAGTTAACGGGTGTGGCTTCAAgg > 2:318057/1‑140 (MQ=255) cTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGcc > 1:419322/1‑140 (MQ=255) tttGATGCCAGGAATGAACTCGTTGTTAGGAATGTTATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCt < 2:269178/140‑1 (MQ=255) ttGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTT‑ATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGc < 1:20180/140‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCt > 1:806136/1‑140 (MQ=255) aaTGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCt < 2:538670/140‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCt > 2:749494/1‑140 (MQ=255) aaTGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCt < 2:207771/140‑1 (MQ=255) aaTGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCt < 1:525322/140‑1 (MQ=255) tcGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATa < 2:419322/140‑1 (MQ=255) tcGGTGTTAGGATTGCAATCAACCTCAAGCCCTCGGCCTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATa < 1:230482/140‑1 (MQ=255) ggTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGATACCGGGTATGGTTACGAGGTTTGCCTGCTTTATTTCCTGTAAATAAc > 2:389510/1‑140 (MQ=255) tAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCTAt > 1:809644/1‑140 (MQ=255) aGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATg > 2:606675/1‑140 (MQ=255) ggATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGc < 1:749494/140‑1 (MQ=255) ggATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGc < 2:806136/140‑1 (MQ=255) gATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCa < 2:718832/140‑1 (MQ=255) aTTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCAt < 1:79585/140‑1 (MQ=255) gTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTCGCCTGCTAAATTTCGTGTAAAAAACCCCATGCATAgg > 1:258878/1‑140 (MQ=255) gTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGGGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTAAATGTCATGTAAATAACCCCATGCATAgg > 1:386193/1‑140 (MQ=255) tAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTTTAACACCCCTTTATTTTATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGt < 2:258878/140‑1 (MQ=255) tAATCAAGCTCAAGCACTCGGCTTGAAAGTTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGt < 1:389510/140‑1 (MQ=255) aaTCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTa > 2:700719/1‑140 (MQ=255) aTCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTaa < 2:47831/140‑1 (MQ=255) tcaagctcaagcCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAg > 1:502553/1‑140 (MQ=255) tcaagctcaagcCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAg < 2:502553/140‑1 (MQ=255) caagctcaagcCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGc < 2:652491/140‑1 (MQ=255) gctcaagcCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATg > 1:36692/1‑140 (MQ=255) caagcCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTaa > 2:186902/1‑140 (MQ=255) gcCCTCGGGGTGAAAGGTGTAAGACCCCTTTATTTTATACATACCCCATGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAg < 2:386193/140‑1 (MQ=255) gcCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCTATGCATAGGTAAGCATGTAATAg < 2:809644/140‑1 (MQ=255) cGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACg > 2:651573/1‑140 (MQ=255) aaaGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGAc > 2:418499/1‑139 (MQ=255) aaaGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGAc < 1:418499/139‑1 (MQ=255) aCCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACggg < 2:36692/140‑1 (MQ=255) ccTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCGTGCATAGGAAAGAATGAAATAGATAGTACGTACAGGTATCACGGGCTg > 2:280651/1‑140 (MQ=255) ccTTTATTTAATACATACCCCAAGATATCTAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTg < 1:280651/140‑1 (MQ=255) atacatacCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATg < 1:186902/140‑1 (MQ=255) tacatacCCCAGGATATCAAGTAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTACCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAATCATGTAATAGATATTACAGACTGGCATCACGTGCTGTTCCACTATGa > 1:389061/1‑140 (MQ=255) acCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTccc > 2:725951/1‑140 (MQ=255) acCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTccc > 2:14427/1‑140 (MQ=255) acCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTccc > 2:463186/1‑140 (MQ=255) acCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTccc > 2:657464/1‑140 (MQ=255) aGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCtaat > 2:816110/1‑140 (MQ=255) atatCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAg < 2:446236/128‑1 (MQ=255) atatCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAg > 1:446236/1‑128 (MQ=255) tCAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATttg < 1:725951/140‑1 (MQ=255) cAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTGCGGACAGGCATCACAGCGTGTTCCAGTATGTATCCCCTAGTAATttgt > 2:389998/1‑140 (MQ=255) cAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCtaata > 1:203385/1‑134 (MQ=255) cAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCtaata < 2:203385/134‑1 (MQ=255) cAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATttgt > 2:64419/1‑140 (MQ=255) cAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATttgt < 1:816110/140‑1 (MQ=255) cAAGAAGATTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTAACACGGGCTGTTACAATATGAGACCCCTAATAATttgt > 1:287619/1‑140 (MQ=255) gaTTGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTcc > 2:154897/1‑140 (MQ=255) ttGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCAt < 1:651573/140‑1 (MQ=255) tGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCAtt > 1:95026/1‑140 (MQ=255) tGTTACCGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCAtt > 2:720529/1‑140 (MQ=255) cGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCtgtt < 1:64419/140‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCtgtt < 1:163427/140‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCTTCAAAGTTTGCCTGGTTATTTTCCTGGAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCtgtt < 1:318057/140‑1 (MQ=255) | TTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTT > NC_000913/4577733‑4577995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |