| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→8 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,557 | 1 | . | G | 95.5% | 302.4 / 5.3 | 88 | intergenic (+476/‑51) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base G (43/41); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAA > NC_000913/321418‑321691 | aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTTCTTTTGATGTTTGGATAAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt < 2:691308/140‑1 (MQ=255)aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt > 2:1191720/1‑140 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑gg > 2:137661/1‑140 (MQ=255) gaaagaaaTAAAATTGGTTATTCCAGTTGTCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATCCAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑ggggg‑g‑gga < 1:755144/140‑3 (MQ=255) 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2:1031756/1‑140 (MQ=255) gTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATTATTGATCTCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAAt > 2:522767/1‑140 (MQ=255) ttATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATg > 2:131489/1‑140 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCa > 1:1475956/1‑140 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCa < 2:1310242/140‑1 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCa < 1:115546/140‑1 (MQ=255) 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1:223833/1‑140 (MQ=255) aaTTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGaaa < 1:1155590/140‑1 (MQ=255) aaaaaaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTCCTTAGTCACCTGGATTGATGACGCCCTGAAATCaa > 2:491758/1‑140 (MQ=255) aaaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGaa < 2:246037/140‑1 (MQ=255) gacagatatTTATTGATGATTGATCCCCCCGT‑GGGGGAG‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCa < 1:567860/135‑1 (MQ=255) cGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAGGCCCTGAAATCAAGAATGGCAc > 1:704649/1‑140 (MQ=255) 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2:567860/1‑135 (MQ=255) tgattgatCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctgc > 2:263213/1‑140 (MQ=255) tgattgatCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctgc > 2:163815/1‑140 (MQ=255) gattgatCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTgctgct < 1:233546/140‑1 (MQ=255) attgatCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctg < 1:1526557/137‑1 (MQ=255) attgatCCCCCGGTGGGGGG‑G‑G‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctg > 2:1526557/1‑137 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |