Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,143,095 | (G)5→6 | intergenic (‑147/‑171) | udk ← / → dgcE | uridine/cytidine kinase/putative diguanylate cyclase DgcE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,143,090 | 1 | . | G | 97.1% | 365.5 / 2.1 | 105 | intergenic (‑142/‑176) | udk/dgcE | uridine/cytidine kinase/putative diguanylate cyclase DgcE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (42/59); total (43/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTAGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑GG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCATAAACACA > NC_000913/2142953‑2143224 | aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGTAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAGTT‑CCC‑gg‑g‑g > 2:897666/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGGGCGCTCAGAGTAAACTGTTGAGAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 1:470587/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 1:314462/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 1:1092803/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 1:1103778/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 2:764559/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 1:902092/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g > 2:273090/1‑140 (MQ=255) aGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAAAAGCGTTGCGGCGAGCTAGGAGTTAAGTGTTGACAAAGAAGT‑CCC‑gg‑g‑g > 2:749098/1‑140 (MQ=255) gCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑g < 1:1008553/140‑1 (MQ=255) gCGACCTGATTAACCTGGATGTCAGCAAGCGGGCGACCAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑g < 1:445969/140‑1 (MQ=255) cGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGTGCGCTCAGAGTTAATTGTTGAAAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑gg > 2:695230/1‑139 (MQ=255) cGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑gg > 1:991946/1‑139 (MQ=255) cGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑gg > 1:949770/1‑139 (MQ=255) aCCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑ggca > 1:984290/1‑137 (MQ=255) aCCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑ggca > 1:68295/1‑137 (MQ=255) aCCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCATTGCCGCGAGCTAAGAGTTAATTGTGGACAAAGAATT‑CCC‑gg‑g‑g‑ggca > 2:636748/1‑137 (MQ=255) tGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAAt > 2:1420729/1‑140 (MQ=255) aTTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTa > 2:1080167/1‑140 (MQ=255) aTTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTa < 1:1080167/140‑1 (MQ=255) aTTAACCTGGATGTTAGCAAGGCGGCGACGAGGCGACAAACGCGGCAACTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTa < 2:447454/140‑1 (MQ=255) tAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACg < 2:1385960/140‑1 (MQ=255) tAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACg < 1:890968/140‑1 (MQ=255) tAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACg < 1:1154781/140‑1 (MQ=255) tAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACg < 1:1463190/140‑1 (MQ=255) cTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGa < 1:125053/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:162950/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 2:116526/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:764559/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:1487558/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 2:96693/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 2:939065/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGGGGCGACAAAACGCTAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:749098/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGCGGCGACTAACCGCCAAACGCGCCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:437067/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGCGGCGACGAATCGCGAAACGCGACAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:576411/140‑1 (MQ=255) tGGATGTTAGGAAGGCGGCGACCAATCGCCAAACGCGCCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 1:408593/140‑1 (MQ=255) gATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 2:129080/138‑1 (MQ=255) gATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt > 1:129080/1‑138 (MQ=255) gATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt > 1:324181/1‑138 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt > 1:850084/1‑137 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt > 2:381173/1‑137 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGAt < 2:850084/137‑1 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAg > 2:386232/1‑140 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAg > 1:1343900/1‑140 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTCGAt < 1:383945/137‑1 (MQ=255) aTGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTAGACAAAGCATTGCCT‑GG‑G‑G‑GCTAATTACGTTGATCAg > 1:658339/1‑140 (MQ=255) gTTAGGAAGGGGGCGGCGAAGCTCCTAACCCGGCAATAATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGtt < 1:429809/140‑1 (MQ=255) gTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGtt < 1:386232/140‑1 (MQ=255) tAGGAAGGGGGCGACGAAGCACCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGtttt > 1:1461296/1‑140 (MQ=255) aGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGATAAAAAATG‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAAGTACGTTGATCAGTTTTa > 2:408593/1‑140 (MQ=255) aGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTa > 2:63593/1‑140 (MQ=255) aGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTAAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTa > 1:367061/1‑140 (MQ=255) aGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTa > 1:1375539/1‑140 (MQ=255) ggggCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAg > 1:1495440/1‑140 (MQ=255) ggCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGt > 2:1176112/1‑140 (MQ=255) aaCGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTCAGAACAGACGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACg < 2:693023/140‑1 (MQ=255) ttATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCa < 2:1461296/140‑1 (MQ=255) ataGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCaaa < 2:984290/140‑1 (MQ=255) ataGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCaaa < 2:1229982/140‑1 (MQ=255) gggATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGt < 1:1446137/129‑1 (MQ=255) gggATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTa > 2:1508049/1‑140 (MQ=255) gATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATc < 1:1420729/140‑1 (MQ=255) gATTTCATCCGTCTGATACCAGGCGAATAGCGTTGTCGCGCGCTCAGAATTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATc < 2:658339/140‑1 (MQ=255) aTTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATcc < 1:63593/140‑1 (MQ=255) aTTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCAGCGCGCTCAGAGGTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATcc < 2:470587/140‑1 (MQ=255) ttCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCATTTTTATGTAAGGCAAACAATGTTAACCGCACTTGCGCAAATTATCCGc > 2:480396/1‑140 (MQ=255) ttCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGc < 2:1103778/140‑1 (MQ=255) ttCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGc > 1:899199/1‑140 (MQ=255) ttCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGc > 2:1362452/1‑140 (MQ=255) tCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGcc < 2:314462/140‑1 (MQ=255) aTCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCtt < 2:949770/140‑1 (MQ=255) gTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACg > 2:154187/1‑140 (MQ=255) gTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACg < 2:245413/140‑1 (MQ=255) cTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTc < 1:1362452/140‑1 (MQ=255) gATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTAAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCAc < 2:367061/140‑1 (MQ=255) aTACCAGTCGAATAGGGTTGCCCCGTGCTAAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACt < 1:480396/140‑1 (MQ=255) tACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACtt < 1:819579/140‑1 (MQ=255) aaTAGCGTTGCCGCGCGTTCAGTGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCaa < 2:708062/140‑1 (MQ=255) aaTAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCaa > 1:786548/1‑140 (MQ=255) ccGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCAtata < 2:325680/140‑1 (MQ=255) ccGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCAtata < 1:1157806/140‑1 (MQ=255) cgcTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCAtata > 1:1312300/1‑135 (MQ=255) cgcTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCAtata < 2:1312300/135‑1 (MQ=255) tCAGAGTTTATTGTTGATAAAGAATT‑CCC‑GGTG‑C‑GAAAATTACGTTGAACAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGGAATTCGCATATAAAATGTaa < 2:736575/140‑1 (MQ=255) tCAGAGTTAATTGTTGACAAAGCATT‑CCC‑GGCG‑G‑GCAAATTACGTTGACCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTaa < 2:431580/140‑1 (MQ=255) gTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACtt < 1:1176112/140‑1 (MQ=255) ttgttgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCGAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTa > 1:126450/1‑140 (MQ=255) ttgttgACAAAGAATG‑CCC‑GG‑GTG‑GCAAACTACGTTGCTCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTa < 1:721111/140‑1 (MQ=255) gttgACAAAGAATT‑CCCTGG‑G‑G‑TCAAATTACTTTGATCACTTTTATGTCAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACt < 2:402429/140‑1 (MQ=255) gttgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCGAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACt < 2:126450/140‑1 (MQ=255) tgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTTGCAGATGAAATGTAAAACTTTTGTACTAg > 1:439311/1‑140 (MQ=255) tgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTa < 2:778976/136‑1 (MQ=255) tgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAg > 2:1095882/1‑140 (MQ=255) tgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAg > 1:317783/1‑140 (MQ=255) tgACAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAg > 2:1118874/1‑140 (MQ=255) aCAAAGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCa > 1:71096/1‑140 (MQ=255) aCAAAGAATT‑CCC‑GG‑G‑GTGCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCa > 2:28562/1‑140 (MQ=255) aGAATT‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCATaaa < 2:1311085/140‑1 (MQ=255) tt‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTCCGTTGATCAGTTTAATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCATAAAcaca < 2:626419/140‑1 (MQ=255) tt‑CCCGGG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCATAAAcaca < 1:897666/140‑1 (MQ=255) | TTAGCGACCTGATTAACCTGGATGTTAGGAAGGGGGCGACGAAGCGCCAAACGCGGCAATTATAGGGATTTCATCCGTCTGATACCAGTCGAATAGCGTTGCCGCGCGCTCAGAGTTAATTGTTGACAAAGAATT‑CCC‑GG‑G‑G‑GCAAATTACGTTGATCAGTTTTATGTAAGGTAAAAAATGTTAAACGCAGTTGCGCAAATTATCCGCCTTTACGTCACTTTATGAGCAATTCGCATATAAAATGTAAAACTTTTGTACTAGCATAAACACA > NC_000913/2142953‑2143224 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |