Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 87.8% | 225.0 / 23.1 | 74 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/4); new base C (46/19); total (51/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑C‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTT > NC_000913/1211944‑1212214 | ggCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ctc > 2:1005217/1‑138 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑c‑c‑cc‑c > 1:41508/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑c‑c‑cc‑c > 1:257693/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑c‑c‑cc‑c > 1:136613/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑c‑c‑cc‑c > 2:294341/1‑140 (MQ=255) aaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTATATTTGTTGATTTTGCTTATGTGTATATT‑A‑a‑c‑cc‑ccccc > 2:722966/1‑139 (MQ=255) aGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑c‑c‑cc‑ccccctca < 2:1481991/140‑5 (MQ=255) aCCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATTTGACTATATT‑A‑C‑CACC‑CCCCTCaaaaaaa > 1:579557/1‑140 (MQ=255) gTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAaatta > 1:1108768/1‑140 (MQ=255) gTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAaatta > 2:1451532/1‑140 (MQ=255) ttGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTGC‑C‑C‑CC‑CCCCTCAAAAaaataa > 1:960548/1‑131 (MQ=255) ttGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAaaataa < 2:960548/131‑1 (MQ=255) aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTTAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 1:787288/1‑140 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTGC‑C‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:859462/140‑1 (MQ=255) aTTACCGTGTCAATTACTACCCACTTCATCTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:465980/140‑1 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cATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaaa > 2:919343/1‑140 (MQ=255) ttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGTATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg > 2:364326/1‑138 (MQ=255) ttGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGTATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg < 1:364326/138‑1 (MQ=255) tGTTATGTCTTATCCCACGGTACTTGATAGGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATGTT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCaa < 1:582261/140‑1 (MQ=255) gTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATGTT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAGTTAGAATTATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAg > 2:582261/1‑140 (MQ=255) ttATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAgg < 2:1159524/140‑1 (MQ=255) tATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGa < 2:1231316/140‑1 (MQ=255) gTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAAtc > 2:157363/1‑140 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt > 2:1003513/1‑140 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 2:115983/140‑1 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCa < 2:1060795/127‑1 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCa > 1:1060795/1‑127 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:1136700/1‑140 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:954947/1‑140 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 2:223678/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:1254495/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:1376902/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 2:215754/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 2:177361/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAAGGATGGCTTATATTAAAGAAAATTTAAAGCAGGGAATCTCAATGGATGt > 2:394648/1‑140 (MQ=255) gTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTa > 1:827451/1‑140 (MQ=255) aTTTAATATGGTTCATTGGGATTTTTATTTCGTGAGTTTCCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTaaa < 2:615871/140‑1 (MQ=255) 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> 2:1155550/1‑140 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATAGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:98244/1‑140 (MQ=255) tCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAtt > 1:333619/1‑140 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 2:1465242/1‑140 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGCATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 1:856003/1‑140 (MQ=255) gTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGc < 2:1034465/140‑1 (MQ=255) 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1:414845/1‑140 (MQ=255) ttGATTTTGCATATGCGTATATG‑A‑CGC‑CC‑TCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAatta < 1:722966/140‑1 (MQ=255) ttGCATATGAGTATATT‑T‑C‑C‑CCTCCCCTCAAGATATTAAGTTAATTAAAATGATGGCTTATAAAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACt < 2:663791/140‑1 (MQ=255) tataTT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAACAATAAATTAATTAAGATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAt < 1:394648/140‑1 (MQ=255) atatT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAtt < 2:41508/140‑1 (MQ=255) tatT‑ACC‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAttt > 2:960105/1‑140 (MQ=255) | GGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑C‑C‑CC‑CCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTT > NC_000913/1211944‑1212214 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |