| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,245,412 | (A)7→8 | coding (253/441 nt) | ycgY → | uncharacterized protein YcgY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,245,405 | 1 | . | A | 91.7% | 151.0 / 6.0 | 49 | coding (246/441 nt) | ycgY | uncharacterized protein YcgY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base A (19/25); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCTTCTGGCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑AA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATGACGCTATCTTCGGCAA > NC_000913/1245267‑1245539 | tCCTTCTGGCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑a > 1:226306/1‑140 (MQ=255) cTGGCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑aa‑aaaa > 1:986249/1‑140 (MQ=255) cTGGCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑aa‑aaaa > 2:1364689/1‑140 (MQ=255) tGGCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑aa‑aaaaa > 1:248041/1‑140 (MQ=255) gCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑aa‑a > 1:257611/1‑134 (MQ=255) gCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑aa‑a < 2:257611/134‑1 (MQ=255) aGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATGAATCTAGCTCCAGTAAG‑C‑aa‑aaaaaacgt > 1:448239/1‑136 (MQ=255) aTTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑aa‑aaaaaaacgtt < 1:269048/140‑7 (MQ=255) ttAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTtga < 2:986249/140‑1 (MQ=255) ttAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTtga < 1:772746/140‑1 (MQ=255) ttAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTtga < 2:762800/140‑1 (MQ=255) ttAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTtga > 2:803220/1‑140 (MQ=255) tAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTtgat > 2:384559/1‑140 (MQ=255) cAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTg < 1:266104/140‑1 (MQ=255) aaaTACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGGTTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGaa < 2:1292364/140‑1 (MQ=255) aaaTACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGaa < 1:1083433/140‑1 (MQ=255) aaTACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATGTAACTCCGGAAGG‑CGAA‑AAAAG‑CGTTGATGAGTGAac > 1:394082/1‑140 (MQ=255) aaTACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATGTAACTCCGGAAAGCC‑AA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAac > 1:498654/1‑140 (MQ=255) tACCCGTTCGGCAATGCCTCAGTTACGCGAACAGGCATGGTCTGAATTTTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAacac < 2:498654/140‑1 (MQ=255) cccGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCg < 2:248041/140‑1 (MQ=255) ccGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGt > 1:932191/1‑140 (MQ=255) gTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTaa < 1:1364689/140‑1 (MQ=255) gTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGAGGAGTGAACACCGTaa > 1:734925/1‑140 (MQ=255) tCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑AAGAAAAA‑CGTTGATGGGTGAACACCGTAACa > 1:423950/1‑140 (MQ=255) gCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAata < 2:932191/140‑1 (MQ=255) cAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAg < 1:384559/140‑1 (MQ=255) aCGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAAtt > 1:1124229/1‑140 (MQ=255) cgcgAAGATGAATGGTCTGAATCCTTTTTTTTGGTCCTAAATTCTCTGCAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg < 2:734925/140‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg < 2:1124229/140‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg < 1:1253370/140‑1 (MQ=255) cgcgAAGAGGAATGGTCCGAATCCTTTTTTTAGTTGCTACATTCTCTGTAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg < 2:423950/140‑1 (MQ=255) caggAAGAGGAATGGTCTGAATCCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg < 1:553444/137‑1 (MQ=255) cgAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg < 1:1296549/138‑1 (MQ=255) cgAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTg > 2:1296549/1‑138 (MQ=255) aaGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGc < 2:226306/140‑1 (MQ=255) agagGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCt < 1:803220/140‑1 (MQ=255) gTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACAGCGTAACAGTATTCAGGCAGCAATTGATGCTTtatatctg > 2:553444/1‑137 (MQ=255) tCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATAGTCAAGTCGCAATTAATGCTTTATATAGcc > 1:593944/1‑140 (MQ=255) ttGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGc < 1:984266/140‑1 (MQ=255) cTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCgg < 1:1033399/140‑1 (MQ=255) aGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGa < 1:831356/140‑1 (MQ=255) tgtCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGaaa > 1:234712/1‑140 (MQ=255) tgtCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGAGTGATGAAAGTGaaa > 1:231091/1‑140 (MQ=255) tgtCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCCGCGCAACTCGCCGGGTGATGAAAGTGaaa > 1:556023/1‑140 (MQ=255) tCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGAGTAAATGGCCGGGGGATGAAAGTGAAaca > 1:459456/1‑140 (MQ=255) gtgATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTa > 2:1376947/1‑140 (MQ=255) gtgATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTa > 1:1071517/1‑140 (MQ=255) gtgATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTa > 2:1541973/1‑140 (MQ=255) attattAATTTAACTCCCGAAAA‑C‑AA‑AAAAAGCGTCGATCAGTGATCATCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGaa < 2:556023/140‑1 (MQ=255) ttattaATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGaaa > 1:1260441/1‑140 (MQ=255) ttattaATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGaaa > 1:1007912/1‑140 (MQ=255) attaATTTAACTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATg < 1:1541973/140‑1 (MQ=255) ttAACTCCAGAAAG‑C‑AACAAAAT‑CGTTGATGCGTGCACACCGTAACAACATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATGACGCTa < 2:459456/140‑1 (MQ=255) cTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATGACGCTa > 1:1429550/1‑136 (MQ=255) cTCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATGACGCTa < 2:1429550/136‑1 (MQ=255) tCCAGAAAG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAACCACTTAGCCGTAGCAATGACGCTATCTTc > 1:691480/1‑140 (MQ=255) aaaG‑CAAA‑AAAAA‑CGTTGATGACTGAACACCATAACAATATTCAGGTAACAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATGACGCTATCTTCGGCaa < 2:691480/140‑1 (MQ=255) | TCCTTCTGGCAGATTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAG‑C‑AA‑AAAAA‑CGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAATCGCCGGGTGATGAAAGTGAAACACTTACCCGTAGAAATGACGCTATCTTCGGCAA > NC_000913/1245267‑1245539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |