| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,330,974 | G→A | pseudogene (3429/4605 nt) | yfaS ← | putative macroglobulin family protein, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,330,974 | 0 | G | A | 98.0% | 164.3 / NA | 51 | pseudogene (3429/4605 nt) | yfaS | putative macroglobulin family protein, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (27/23); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGGCAAATTCATCTCCTGCGCCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTGGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGAATCATCTGACG > NC_000913/2330837‑2331108 | cACGGCAAATTCATCTCCTGCGCCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCtggctagc > 2:264006/1‑140 (MQ=255) gCAAATTCATCTCCTGCGCCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGTGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGc > 1:383015/1‑140 (MQ=255) aaTTCATCTCCTGCGCCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAg < 1:872762/140‑1 (MQ=255) cTGCGCCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAcc > 1:1373009/1‑140 (MQ=255) gcgcCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccat > 1:30072/1‑140 (MQ=255) cgcCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGGCTGTCTGGCCTGCGAGTCGGCGTAccatg > 1:489050/1‑140 (MQ=255) cgcCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccatg > 1:1456345/1‑140 (MQ=255) ccATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccatgccc < 2:351399/140‑1 (MQ=255) ccATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccatgccc < 2:113154/140‑1 (MQ=255) cATGCCAGCACCAGCACCCGATCCAGTAAAGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccatgccca < 1:656459/140‑1 (MQ=255) aTGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccatgcccat < 1:264006/140‑1 (MQ=255) gCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTAccatgcccatgc < 2:335526/140‑1 (MQ=255) ccAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCAGCCCGCTACGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTaagg < 2:590945/140‑1 (MQ=255) cgcCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTaaggaagg > 1:846427/1‑140 (MQ=255) cgcCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCCCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTaaggaagg > 1:1427829/1‑140 (MQ=255) gcCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGc < 1:837911/140‑1 (MQ=255) cGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTc > 1:1521088/1‑140 (MQ=255) gCAATAACGGCATGTTAACTGCCTGCTCCGCATAGCTGTGGAGCATATACTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCa < 2:417556/140‑1 (MQ=255) aaCGGAATGTTATCCGCCTGCTCCACGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCAAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCAGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTCAGGAAGGCGTCACCATTGcc < 2:383015/140‑1 (MQ=255) cGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCAt > 1:349697/1‑140 (MQ=255) gCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCTTGCCGTAAGGAAGCTGTCACCACTGCCATCt > 2:716756/1‑140 (MQ=255) ttATCTGCCTGCTCCTCGTAGCTGTCGAGTATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCAcc < 1:716756/140‑1 (MQ=255) ttATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCtt > 2:193042/1‑136 (MQ=255) ttATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCtt < 1:193042/136‑1 (MQ=255) ttATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCAcc < 2:1456345/140‑1 (MQ=255) ttATCTGCCTGCTCCGCATAGCAGTCGAGCATATGGTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCAcc < 2:522904/140‑1 (MQ=255) ctgcctgcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCccac < 1:1426792/140‑1 (MQ=255) ctgcctgcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCccac < 2:1517742/140‑1 (MQ=255) ctgcctgcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCccac < 2:349697/140‑1 (MQ=255) ctgcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGGGTCACCGTTGCCAGCTTCACCCCACCAgg > 1:522904/1‑140 (MQ=255) ctgcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCccac > 2:1320809/1‑136 (MQ=255) ctgcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCccac < 1:1320809/136‑1 (MQ=255) gcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTa > 1:804243/1‑140 (MQ=255) gcTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTa > 1:1366701/1‑140 (MQ=255) cTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTaa > 1:884855/1‑140 (MQ=255) cTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTaa > 2:254146/1‑140 (MQ=255) tCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCggg > 2:992984/1‑140 (MQ=255) cATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCg > 1:1325860/1‑140 (MQ=255) tatGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGcc > 1:1241238/1‑140 (MQ=255) tatGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGcc > 1:363305/1‑140 (MQ=255) cggTATTCCGTTTGTCGGGTTCAGCCGATCCCCTGCCTATCCTGCCAGTGGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCAt < 2:547417/138‑1 (MQ=255) aaGTATCCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTGGCCTGCCCGTCGGCGTACCATCCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCCCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCAt < 2:1373009/139‑1 (MQ=255) gTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCCCCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCa < 2:1427829/140‑1 (MQ=255) gTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCa < 2:846427/140‑1 (MQ=255) tATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAg > 2:328781/1‑140 (MQ=255) aTTCCGGTTGTTGCGTTTCGCGAATCGCCTGACTACCCTGCCAGTCGGGGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCCCCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGc < 2:498823/140‑1 (MQ=255) cGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCa < 1:328781/140‑1 (MQ=255) gttgttGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAGGCGCGCTGCGGGCCGCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGa > 1:433582/1‑140 (MQ=255) gttgttGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGa < 1:667135/140‑1 (MQ=255) gttgCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACgg > 2:374628/1‑140 (MQ=255) gttgCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACgg < 2:804243/140‑1 (MQ=255) gttgCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCAACAGGTAAAGCGCGCACCGGGCCCCGTCAGTTACATCAGCCGCAGACgg > 2:667135/1‑140 (MQ=255) ttgCGTTACGCCGATCGCCTGGCTAACCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGt > 2:1045132/1‑140 (MQ=255) aCGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTg > 2:267854/1‑140 (MQ=255) cGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGa < 1:968583/140‑1 (MQ=255) cGCCGATCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGa < 1:992984/140‑1 (MQ=255) aTCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGGTCCGGGCCGCGCGAGTGGCATCAGCTGCAGACGGTTATCCTGAatcat > 2:397459/1‑140 (MQ=255) aTCGCCTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGAatcat > 2:977562/1‑140 (MQ=255) ccTGGCTAGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCCCCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGAATCATCTGa < 2:30072/140‑1 (MQ=255) tggctagcCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCGCCCCCCCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGAATCATCTGACg < 1:91891/140‑1 (MQ=255) tggctagcCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGAATCATCTGACg < 2:1241238/140‑1 (MQ=255) | CACGGCAAATTCATCTCCTGCGCCCATGCCAGCACCAGCGCCCGATGCAATAACGGCATGTTATCTGCCTGCTCCGCGTAGCTGTCGAGCATATGCTGCCAGTATTCCGGTTGTTGCGTTACGCCGATCGCCTGGCTGGCCTGCCAGTCGGCGTACCATGCCCATGCCGTAAGGAAGGCGTCACCATTGCCATCTTCACCCCACCAGGTAAAGCGCGCTCCGGGCCCCGCCAGTTGCATCAGCCGCAGACGGTTATCCTGAATCATCTGACG > NC_000913/2330837‑2331108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |