| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,748,674 | T→C | V238A (GTC→GCC) | ypjD → | cytochrome c assembly family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,748,674 | 0 | T | C | 98.4% | 437.9 / NA | 126 | V238A (GTC→GCC) | ypjD | cytochrome c assembly family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (68/55); minor base A (2/0); total (71/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGTCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCATTATTCT > NC_000913/2748537‑2748811 | cACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGGCATTATCTTGATGGCTGGCGTCGACGCCGCGTCGCCt > 1:719925/1‑140 (MQ=255) cTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTTCTGTGGGGGCATTAGCTAGAAGGATAGCGTACACGCCGCGTCGCCTgg > 2:753021/1‑140 (MQ=255) ccTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGATGGGGGGACATGATCCTGAAGGATGGCGAGGACGCCGAGTCGCCTGGTTTa > 2:469176/1‑140 (MQ=255) cATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCgg > 2:1466618/1‑140 (MQ=255) cATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCgg > 2:1147446/1‑140 (MQ=255) cATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCgg > 2:584332/1‑140 (MQ=255) aTGCACAACTTATTTAGCATGGCAACTATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCggg < 1:753021/140‑1 (MQ=255) acaACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGcgcg > 1:367375/1‑140 (MQ=255) acaACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGcgcg > 1:1128585/1‑140 (MQ=255) acaACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCATGGACGCCGCGTCGACTGGTTAAACGTTGCGGGcgcg > 1:706588/1‑140 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1:357689/133‑1 (MQ=255) tGGCGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAAGCAGCTAAAGCCATAAAGGGAGTTTCGCCTGGAACACATTTctactact > 2:441248/1‑140 (MQ=255) cGTGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACg < 1:1201945/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 2:47506/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 2:1028062/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 1:379209/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 2:1262501/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 1:323722/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCGCCTCGTTTAACGTTGCGCGCGCGGTCATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 2:425277/140‑1 (MQ=255) tGGACGCCGCGTCACCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 1:207033/140‑1 (MQ=255) gACGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGa > 1:1433747/1‑140 (MQ=255) aCGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGAt > 1:266369/1‑140 (MQ=255) aCGCCGCGTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGAt < 2:348194/140‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTCGCCCGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCACTGGAAGACATTTGTACTACTACGTTGAt > 1:489547/1‑140 (MQ=255) cgcgTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGtt < 2:763916/133‑1 (MQ=255) cgcgTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCatt > 1:943906/1‑140 (MQ=255) cgcgTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCatt > 1:996141/1‑140 (MQ=255) cgcgTCGCCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCatt > 1:184469/1‑140 (MQ=255) tcgccTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAACCCCAG‑AAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCATTATTCt < 2:1128585/140‑1 (MQ=255) tcgccTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCATTATTc < 1:598480/140‑1 (MQ=255) tcgccTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCATTATTc < 2:943906/140‑1 (MQ=255) | CACTGGCCTGTTCTACATGCACAACTTATTTAGCATGGAAAATATCGACAAGGCTGTGCTCTCTATCGTGGCGTGGTTTGTCTATATTGTGCTGCTGTGGGGACATTATCATGAAGGATGGCGTGGACGCCGCGTCGTCTGGTTTAACGTTGCGGGCGCGGTAATTCTGACACTGGCCTACTTCGGCAGCCGAATTGTCCAGCAGTTAATCAGCTAAACCCAGAAAAGGAGTTTCCCCTGGAACACATTTCTACTACTACGTTGATCATTATTCT > NC_000913/2748537‑2748811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |