| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,546,546 | G→A | intergenic (+347/‑13) | nfuA → / → gntT | iron‑sulfur cluster carrier protein NfuA/high‑affinity gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,546,546 | 0 | G | A | 99.4% | 546.7 / ‑4.8 | 158 | intergenic (+347/‑13) | nfuA/gntT | iron‑sulfur cluster carrier protein NfuA/high‑affinity gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (80/77); total (81/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
AACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGA‑‑‑GTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACAAATGAAAGGCCAGGTAAATCATGCCATTAGTCATTGTTGCTATCGGTGTAATCTTGTTGTTGCTCCTGATGATCCGCTTCAAAATGAACGGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGC > NC_000913/3546413‑3546685 | aaCATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGA‑‑‑GTTTGTCGTCAGAAAATTTACGCTAGCCATAACAAATGAAAAGCCAgg > 1:734047/1‑140 (MQ=255)aaCATACTCCTGACATCTGACTACAATAAATAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGA‑‑‑GTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACAAATGAAAAGCCAgg < 1:582688/140‑1 (MQ=255) aTACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGA‑‑‑GTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACAAATGAAAAGCCAGGTaa > 1:1009856/1‑140 (MQ=255) aTACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGA‑‑‑GTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACAAATGAAAAGCCAGGTaa > 2:1308788/1‑140 (MQ=255) 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NC_000913/3546413‑3546685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |