| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 484,885 | T→C | S245S (TCA→TCG) | acrA ← | multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 484,885 | 0 | T | C | 99.0% | 363.8 / NA | 105 | S245S (TCA→TCG) | acrA | multidrug efflux pump membrane fusion lipoprotein AcrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (56/47); total (56/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACCCGGCAGCAGAGTGTGATCCGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGTCAGAGAATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGTGACACTTTGGCTTTGCCGTTCTCTTGTTTCAGCGTGCCATTCGCCAGTTCCTGTTTCAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCACGGTTGCCAGCGCA > NC_000913/484750‑485017 | aCCCGGCAGCAGAGTGTGATCCGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGTCAGAGAATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGaca > 1:1253913/1‑140 (MQ=255) cagcagAGTGTGATCCGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGTCAGAGAATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAAAGCCGTCCCTGGTGATCAGCGACACTTTgg > 1:636285/1‑140 (MQ=255) cagcagAGTGTGATCCGGGTTCGGGAAGATAGCGCCTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGTCAGAGAATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTgg < 1:313144/140‑1 (MQ=255) agagTGTGATCCGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGTCAGAGAATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACt < 1:47851/132‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |