| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,379,460 | C→T | G105R (GGA→AGA) | frdC ← | fumarate reductase membrane protein FrdC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,379,460 | 0 | C | T | 99.2% | 401.0 / NA | 118 | G105R (GGA→AGA) | frdC | fumarate reductase membrane protein FrdC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (56/61); minor base A (1/0); total (57/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GGTTCGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCCCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAACCGGGTTTTGTAAAAAGTCGACGAAT > NC_000913/4379332‑4379596 | ggTTCGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACACTTACCGCCTAGAGAATGCTGATAATCGGCTGAGGTCTCAttctgtctc > 2:744875/1‑133 (MQ=255) tCGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCtt > 1:950622/1‑140 (MQ=255) cGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCttt < 2:924245/140‑1 (MQ=255) cGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCttt < 2:244221/140‑1 (MQ=255) cGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACCTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCttt > 2:1371515/1‑140 (MQ=255) cGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGAATTTTGATCATTGGCCCTGGTCACATTTTTTCGTCttt > 1:544142/1‑140 (MQ=255) aGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACa < 1:1426387/140‑1 (MQ=255) gAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCttt > 2:1381126/1‑135 (MQ=255) gAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCttt < 1:1381126/135‑1 (MQ=255) tttggatttggaTTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGatat < 1:985124/140‑1 (MQ=255) 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ggCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTg > 1:1280685/1‑133 (MQ=255) ggCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTgca > 2:1398245/1‑140 (MQ=255) ggCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTgca > 2:1055508/1‑140 (MQ=255) ggCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTgca > 1:1118018/1‑140 (MQ=255) ggCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTgca > 1:1213966/1‑140 (MQ=255) ggCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTgca > 1:169052/1‑140 (MQ=255) 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1:1371515/140‑1 (MQ=255) gtggCAACCACAGTTACAGCCCAGAGACTTTGGATAATTAGCTCTGGTATCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGAt < 2:651987/140‑1 (MQ=255) gCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAg < 2:1319667/140‑1 (MQ=255) ccACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTa < 2:1118018/140‑1 (MQ=255) cacaGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTaa > 1:916941/1‑140 (MQ=255) caGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAgg < 1:811388/134‑1 (MQ=255) caGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATg < 2:1394682/140‑1 (MQ=255) ttACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATc > 2:1368801/1‑140 (MQ=255) aCCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCCTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGTAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCAc < 2:1485193/140‑1 (MQ=255) aCCGCCCAGAGACTTTGAATAACTGGCTCTGTTGTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCAc < 2:707692/140‑1 (MQ=255) gCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGAt > 2:821455/1‑122 (MQ=255) gCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGAt < 1:821455/122‑1 (MQ=255) ccAGAGACTTTTGATAACTGGCCCTGGTCTCCTTTCTTCTTCTTTTACTATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATaa < 2:446823/140‑1 (MQ=255) cAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAAc > 1:1215380/1‑140 (MQ=255) cAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAAc > 1:886493/1‑140 (MQ=255) agaCTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTCCCGCCAGCGTGATCAGGTTAACGATCACGATAACCgg > 1:718644/1‑140 (MQ=255) aCTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAACCGGGt < 2:279682/140‑1 (MQ=255) cTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAACCGGGtt < 2:372945/140‑1 (MQ=255) cTTTTGATAATTGGCTCTGGTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAACCGGGtt < 2:1368903/140‑1 (MQ=255) gTCTCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAACCGGGTTTTGTAAAAAGTCGACGAAt < 1:1418655/140‑1 (MQ=255) | GGTTCGTCAGAACGCTTTGGATTTGGATTAATCATCTCAGGCTCCTTACCAGTACAGGGCAACAAACAGGATTACGATGGTGGCAACCACAGTTACCGCCCAGAGACTTTTGATAATTGGCTCTGGTCCCATTTTTTCGTCTTTTACAATGATATTGGCCGCTTTCGGTGCCAGTTCAAACCAGGTTTTGGTGTGCAGCAGAGCTGCCGCCAGAGTGATCAGGTTAATGATCACGATAACCGGGTTTTGTAAAAAGTCGACGAAT > NC_000913/4379332‑4379596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |