Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,580,713 | A→G | H250H (CAT→CAC) | hsdS ← | type I restriction enzyme EcoKI specificity protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,580,713 | 0 | A | G | 98.5% | 234.2 / NA | 66 | H250H (CAT→CAC) | hsdS | type I restriction enzyme EcoKI specificity protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (28/37); total (28/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTC > NC_000913/4580580‑4580843 | cGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTTACTTTTTTTACAATCTTGAAAACGAAAATTGTTTTTATCTTC‑ATTGCCAGCACGTACAGAAATAAATCGTAGTATTTGGTGACCa > 2:329368/1‑140 (MQ=255) gTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGTACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCaa < 2:838779/140‑1 (MQ=255) gTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCaa < 1:329368/140‑1 (MQ=255) tataGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAaca < 2:133469/140‑1 (MQ=255) gCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGG‑TTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACt < 1:122318/140‑1 (MQ=255) aGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTTTTAACATTCTAGAAACCGAAAATTGTTTTTTTTTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAAATAATGCGTAGTATTTGGGGACCAACACCACttt > 2:189450/1‑140 (MQ=255) aGATCTCCATCTTGTAATTTGTCGCTGTTTAGTTCACGTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCtt < 1:576163/140‑1 (MQ=255) aGATCTCCATCTTGTAATTTGTCGCCGTTTAGTTCACATTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCtt < 1:430570/140‑1 (MQ=255) gATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGATTTAGTTCACTCTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCttt < 1:700074/140‑1 (MQ=255) tctcCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTtga < 1:1210900/140‑1 (MQ=255) tcCATCTTGTAATTTGTGGCGGGTTTGATCTCTTTTTTAAAAATTTTGAAAACAAATATTGTTTTGGTTTTCAATGGCATGC‑CGCACAAAAATAATGCGTTGAATTTGGGGACCAACACCACTTTCATTTTGGttttgtt > 2:94525/1‑136 (MQ=255) cATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTTCTTTTTGAAAATTCTTGAAAACCAATATCGTTTTTTTCTAC‑ATTGCCCGCACGTACAGAAATAATGCGTAGTATTTGGGGAGCAACACCACTTTCATTTTGCTTTTATGaa > 2:331122/1‑140 (MQ=255) aTCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGaaa < 1:331122/140‑1 (MQ=255) gTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCa < 1:1473500/140‑1 (MQ=255) gTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCa < 1:1421504/140‑1 (MQ=255) tAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTTTTAACATTCTAGAAAACGAAAATCGGTTTTATTTAC‑ATGGCCAGCACGTACAAAAATAAATCGTAGTATTTGGGGACCAACACCACCTTCATTTTGCTTTTGTGGAAAACCAt > 2:774634/1‑140 (MQ=255) ttGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACg < 1:553383/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTAGTTCACTTTCTGACCAGTCTCGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 1:569164/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 1:189450/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 1:778452/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 1:1139863/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACAGTCTAGAAACCGTATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 1:602738/140‑1 (MQ=255) acaggTTTAGTTCACATTCTGAGCACTCTTGAAACCGCATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 1:482848/137‑1 (MQ=255) gCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAtt < 1:94525/140‑1 (MQ=255) gTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAg < 1:1519807/140‑1 (MQ=255) gTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAag > 1:1188638/1‑140 (MQ=255) ttCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTTATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGGCCAACACCACTTTCATTTGGCTTTTATGAAAAACCATTACGTAATTCAGTTAaga > 2:778452/1‑140 (MQ=255) tttCTGAACATTCTATAAACCGTATCTCGGTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAagatagat < 1:540450/140‑1 (MQ=255) tttCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTGTGATGAAAGACTATTACGTAAGTCAGTTAagatagat > 1:646264/1‑140 (MQ=255) tttCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTGTCATTTGGTTTTGATGGAAGACCATTACGTTATTCAGTTAagatctgt > 2:482848/1‑136 (MQ=255) tCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTGATTTGGCTATGAGGAAAGACCATTAGGTAAGTCAGTTAAGATAGATTc > 2:540450/1‑140 (MQ=255) tCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTc > 1:1340584/1‑140 (MQ=255) ttCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTa > 1:1075041/1‑140 (MQ=255) cTAGAAACCGAATATGGTTTTGCTCTAC‑AAGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAAc < 1:491463/140‑1 (MQ=255) cTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAAc < 2:1192911/140‑1 (MQ=255) cTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAAc < 2:1340584/140‑1 (MQ=255) cTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAAc < 1:1097365/140‑1 (MQ=255) cTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAAc < 1:774634/140‑1 (MQ=255) 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aaTATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAAc < 2:1082649/130‑1 (MQ=255) aaTATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATa > 1:1095649/1‑140 (MQ=255) aaTATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAGTCAGTTAGGATAGAATCAAAAGTTAACTTCTTAAATa > 1:441977/1‑140 (MQ=255) tatCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACa < 1:143039/140‑1 (MQ=255) cGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTAAATATTTAAGTTCTTAAATACAGaa > 1:427026/1‑140 (MQ=255) tGATCTAC‑ATGGCCAGCCCGTATAGAACTAATGCGTAGTGTTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTg < 2:646264/140‑1 (MQ=255) tGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTg < 2:1073016/140‑1 (MQ=255) aTCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATACAGTTAAGTTAGGTTCGAAATTTAAATTCTTAAATACAGAATGTTGCg > 2:469075/1‑140 (MQ=255) tAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAATTAATGCGTCGTAATGGATGACCAACCCCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCt < 2:441977/140‑1 (MQ=255) c‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCa > 1:128569/1‑140 (MQ=255) ccAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAAtt > 2:780629/1‑140 (MQ=255) ccAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAAtt > 2:1069785/1‑140 (MQ=255) gCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACg > 1:1149580/1‑140 (MQ=255) aCAGAACTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCAttt > 1:1451107/1‑140 (MQ=255) aCTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTa > 2:1103465/1‑127 (MQ=255) aCTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTa < 1:1103465/127‑1 (MQ=255) cTAATGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGt < 2:128569/140‑1 (MQ=255) aaTGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACCTCTTAAATACAGAATGATGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCa > 2:506115/1‑140 (MQ=255) aTGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTTATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCaa > 2:306763/1‑140 (MQ=255) aTGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCaa > 1:1103373/1‑140 (MQ=255) aTGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCaa > 1:1220276/1‑140 (MQ=255) aTGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCaa > 1:284627/1‑140 (MQ=255) aTGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCaa > 1:1109803/1‑140 (MQ=255) tGCGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAAt < 2:1109803/140‑1 (MQ=255) cGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTc < 2:908591/131‑1 (MQ=255) cGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTc > 1:908591/1‑131 (MQ=255) cGTAGTATTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAAttt > 1:1512635/1‑140 (MQ=255) tagtaTTGGGTGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTc > 1:204351/1‑140 (MQ=255) | CGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTCTGAACATTCTAGAAACCGAATATCGTTTTGATCTAC‑ATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATGACCAACACCACTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTCAAAATTTAACTTCTTAAATACAGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTC > NC_000913/4580580‑4580843 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |