| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 563,450 | A→G | T41A (ACC→GCC) | sfmF → | putative fimbrial protein SfmF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 563,450 | 0 | A | G | 97.6% | 289.7 / ‑4.4 | 84 | T41A (ACC→GCC) | sfmF | putative fimbrial protein SfmF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (43/39); total (44/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTACCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGACACAACTACTGAACGCTGGCGATACCACGGCACTCGTCCCTTTTAGCCTGCGGCTGGAGGGATGTCCTCCGGGTTCAGTTG > NC_000913/563319‑563585 | aGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAac > 2:1069747/1‑140 (MQ=255)aGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAac > 1:282456/1‑140 (MQ=255) ggTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAaca > 2:93938/1‑140 (MQ=255) ggTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAaca > 2:698/1‑140 (MQ=255) tACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGGTGATTTCTCATGTGCCGTAAAcaca > 1:488317/1‑140 (MQ=255) aCGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAg < 2:906747/140‑1 (MQ=255) aCGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAg < 2:826861/140‑1 (MQ=255) aCGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAg > 2:1061023/1‑140 (MQ=255) aCGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAg > 2:105005/1‑140 (MQ=255) cGGAGAATGAGAAGAGTTCTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGt < 1:993848/131‑1 (MQ=255) cGGAGAATGAGAAGAGCACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGGACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGt > 2:993848/1‑131 (MQ=255) gagaATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCgg < 1:958076/140‑1 (MQ=255) gaATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGat < 1:93938/140‑1 (MQ=255) gaATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGat < 2:801965/140‑1 (MQ=255) gaATGAGAAGAGTACCCTTTAGTTGATTCTGCGGGCTCCTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGat < 1:614508/140‑1 (MQ=255) aaTGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGata > 1:42352/1‑140 (MQ=255) tGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAg > 1:17618/1‑132 (MQ=255) tGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAg < 2:17618/132‑1 (MQ=255) gTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGAc > 2:1148699/1‑140 (MQ=255) tACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTCCTCCTGTACCGTAAGCACAGCAGATATTGATAAGACg > 1:653941/1‑140 (MQ=255) aCTCTTTAGCTGTTTCTTCGGGTTACTGTGGGGTTTCAGCGGATGGGCCGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACgg < 2:410956/140‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGCTGTTTCTTCGGGCTACTGTGGAGTTTCAGGGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACgg < 2:488317/140‑1 (MQ=255) 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cTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAg > 1:791392/1‑140 (MQ=255) tGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAgg < 1:698/140‑1 (MQ=255) tttCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCa > 2:1257744/1‑140 (MQ=255) tttCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCa > 1:367920/1‑140 (MQ=255) ttCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAg < 1:947958/140‑1 (MQ=255) tCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGa < 2:42352/140‑1 (MQ=255) tCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGa < 1:1069747/140‑1 (MQ=255) tCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGa > 1:354009/1‑140 (MQ=255) tCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGa < 1:105005/140‑1 (MQ=255) gggCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGcc < 2:354009/140‑1 (MQ=255) aCTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTACCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGa < 1:1366116/140‑1 (MQ=255) gtgGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGacac < 1:1275181/140‑1 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tctcCTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGACACAACTACTGAACGCTGGCGATACCACGGCACTCGTCCCTTTTAGCCTGCGGCTGGAGGGATGTCCTCCGGGTTCa > 1:870712/1‑140 (MQ=255) cTGTGCCGTAAACACAGCGGATCTTTATAAGACGGTATATTTAGGCAGATGGCCTACGACACAACTACTGAACGCTGGCGATACCACGGCACTCGTCCCTTTTAGCCTGCGGCTGGAGGGATGTCCTCCGGGTTCAGTTg < 1:587982/140‑1 (MQ=255) cTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGACACAACTACTGAACGCTGGCGATACCACGGCACTCGTCCCTTTTAGCCTGCGGCTGGAGGGATGTCCTCCGGGTTCAGTTg < 2:655612/140‑1 (MQ=255) cTGTGCCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGACACAACTACTGAACGCTGGCGATACCACGGCACTCGTCCCTTTTAGCCTGCGGCTGGAGGGATGTCCTCCGGGTTCAGTTg < 1:915618/140‑1 (MQ=255) | AGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCAGTTGACCCTTTAGGAACGATTAATATCAATTTGCACGGTAACGTTGTTGATTTCTCCTGTACCGTAAACACAGCGGATATTGATAAGACGGTAGATTTAGGCAGATGGCCTACGACACAACTACTGAACGCTGGCGATACCACGGCACTCGTCCCTTTTAGCCTGCGGCTGGAGGGATGTCCTCCGGGTTCAGTTG > NC_000913/563319‑563585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |