| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 571,587 | A→G | E45G (GAG→GGG) | ybcM → | DLP12 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 571,587 | 0 | A | G | 99.1% | 380.2 / NA | 108 | E45G (GAG→GGG) | ybcM | DLP12 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (45/61); minor base C (0/1); total (45/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGAGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTTTACTTACCCATTGATTTAATTGAGAG > NC_000913/571451‑571722 | agTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGAc > 1:1316547/1‑140 (MQ=255) gTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACg < 1:8221/140‑1 (MQ=255) gTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACg < 1:822039/140‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCa > 2:360610/1‑140 (MQ=255) 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< 1:841591/140‑1 (MQ=255) aTTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATAtt > 1:1049824/1‑138 (MQ=255) aTTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATAtt < 2:1049824/138‑1 (MQ=255) cttAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGaa < 1:1008763/138‑1 (MQ=255) cATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGaa < 2:1316547/140‑1 (MQ=255) cATAGGGTTAAGCCTATTATGCTAGATTTCTGTCGTACCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGaa < 1:729060/140‑1 (MQ=255) aTAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAAt < 1:1342711/140‑1 (MQ=255) aTAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAAt < 1:1229766/140‑1 (MQ=255) aTAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCCTGTCCGTCAGGGAATGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAAt < 2:668002/140‑1 (MQ=255) aTAGGGTTAAGCCTCATATGCCTGCTTTGAGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTgagagt < 1:703975/140‑3 (MQ=255) ttAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTTCCTGAGGTTATGTATTTAATATTGAGAAtctgtct > 2:737736/1‑134 (MQ=255) ttAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATAtt > 2:1058468/1‑128 (MQ=255) 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tgtgTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCa > 1:872986/1‑140 (MQ=255) tgtCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGa < 2:104082/140‑1 (MQ=255) gtCGTATCCGTCAGGGAAAGAAGGTAATCTATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGaa < 1:611512/140‑1 (MQ=255) gtCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGaa < 1:1063672/140‑1 (MQ=255) gTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATg < 1:1088398/140‑1 (MQ=255) tATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGc > 1:128665/1‑140 (MQ=255) cGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGTTtta < 1:1258303/140‑1 (MQ=255) gTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTAGATTGAGAAATATTCTGAAGCAGGGCTTTATGTTGCAGAAGTGCTttac > 2:744279/1‑140 (MQ=255) aGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTttactta < 2:1459588/140‑1 (MQ=255) aaagaaagTTATCAATTGGGTGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTTTACTTACCCa < 2:1005142/140‑1 (MQ=255) aagTTATCAATTGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTTTACTTACCCATTGAt < 2:872986/140‑1 (MQ=255) aagTTATCAATTGGGCGACGCACACATTAGCTGTTGAAAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTTTACTTACCCATTGAt < 1:532264/140‑1 (MQ=255) tGGGGGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTTTACTTACCCATTGATTTAATTGagag < 1:308628/140‑1 (MQ=255) | AGTATGCTGGCAAGAGGTAAGACTAACTTAAAGATCGAAGAAATACGGATGCATAAACATCATGAGATTCATAGGGTTAAGCCTCTTATGCCAGCTTTGTGTCGTATCCGTCAGGGAAAGAAAGTTATCAATTGGGAGACGCATACTTTAACTGTTGATAATAATCAAATAATATTATTTCCTTGTGGTTATGAATTTTATATTGAGAATTATCCTGAAGCAGGGCTTTATCTTGCAGAAATGCTTTACTTACCCATTGATTTAATTGAGAG > NC_000913/571451‑571722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |