| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 114,800 | T→C | N309D (AAC→GAC) | hofC ← | inner membrane protein HofC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 114,800 | 0 | T | C | 99.0% | 347.8 / NA | 102 | N309D (AAC→GAC) | hofC | inner membrane protein HofC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (51/49); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTTACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATCGTAAAGATCTGCGT > NC_000913/114667‑114935 | tCCCAATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCAGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAACCTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCAAGATTGGTTGACCGTCACTGat > 2:567879/1‑140 (MQ=255) cccGATGATGATGGGCGGGGTTTTCTAACATTAGATCCATAGAGCCGGTTGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGata < 2:473292/140‑1 (MQ=255) ccGATGATGATGGGCTAGGTTGACTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGatat < 1:567884/140‑1 (MQ=255) ccGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGatat < 1:37202/140‑1 (MQ=255) ccGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGatat > 1:802020/1‑140 (MQ=255) aatgatgatgGGCGAAGTTGTCGAAGATGCGATCCAGTGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCg < 1:567879/139‑1 (MQ=255) atgatgatgGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTAAGCGCCAGCCACATGGGTTGAGCGTCACTGATATCGt > 1:626598/1‑140 (MQ=255) atgGGCGAGGTTGTCCAACATGAGACCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGa < 1:586074/140‑1 (MQ=255) gggCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGAtt < 1:1150608/140‑1 (MQ=255) gggCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGAtt < 2:802020/140‑1 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agagagCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACgg > 1:1396236/1‑140 (MQ=255) agagCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGc > 1:1240195/1‑140 (MQ=255) gagCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTTATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCa < 1:1163281/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAgcg < 1:310445/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAgcg > 1:1084713/1‑140 (MQ=255) ccGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAgcg > 2:899600/1‑140 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ttCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACg < 1:983710/140‑1 (MQ=255) ttCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACg < 2:1179642/140‑1 (MQ=255) ttCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACg < 2:1289448/140‑1 (MQ=255) tctcACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGc < 2:1084738/140‑1 (MQ=255) ctcACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAgcg < 1:1516470/122‑1 (MQ=255) ctcACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAgcg > 2:1516470/1‑122 (MQ=255) 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ccGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCGGACACTCTCTACGCCCGGTAAGAAAGTAATGCCTGCACt > 2:503408/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACtt < 2:356681/140‑1 (MQ=255) tttttAGCGCCAGCCAGTTGGGTTGACCGTCACTGTTATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTc < 2:626598/140‑1 (MQ=255) tttttAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTc < 2:1169382/140‑1 (MQ=255) tttttAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTc < 2:1438124/140‑1 (MQ=255) tAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAgcg > 2:158765/1‑140 (MQ=255) tAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCACTGAAAAAAAGTTATGCCGGCACTTTGTGTCAgcc > 2:725785/1‑139 (MQ=255) cgcCAGCCAGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCa < 2:1276274/140‑1 (MQ=255) gccagccaGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAg < 1:158765/140‑1 (MQ=255) gccagccaGATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAg < 1:95389/140‑1 (MQ=255) gccagccaGATGGGTTGACCGTCACAGATCTCGTGCTTGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAg < 1:397990/140‑1 (MQ=255) gccagccaGATGGGTTGACCGTAACTGATATTGTGATGGTTTTGTGTCCGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAg < 2:555419/140‑1 (MQ=255) gagccagAGGGGTTGATCGTCACTGATATCGTGTTTGATTTGTGTCAGGAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGaa < 2:729260/139‑1 (MQ=255) agccagATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAAt > 1:918928/1‑140 (MQ=255) gccagATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATc > 1:1424470/1‑140 (MQ=255) cagATGGGTTGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATCGt < 1:778009/140‑1 (MQ=255) ttGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATCGTAAAGATCt > 1:1211231/1‑140 (MQ=255) ttGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATCGTAAAGATCt > 2:819492/1‑140 (MQ=255) ttGACCGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATACCTGCACGTTGAGTGAGCGCCTGAATCGTAAAGATcc > 1:729260/1‑139 (MQ=255) ccGTCACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATCGTAAAGATCTGCGt < 2:958938/140‑1 (MQ=255) | TCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGCCTCTCCTGTTCTCACTAATTGCAAACAGAGCGGGCTAAACTCACCGGTATTTTTTAGCGCCAGCCAGATGGGTTGACCGTTACTGATATCGTGCTGGATTTGTGTCAGAAGTTGCACCCAGTACGGGCAGCGCATTGTTTCTCTGACGCTCTCTACGCCCTGTAAAAAAGTAATGCCTGCACTTTGTGTCAGCGCCAGAATCGTAAAGATCTGCGT > NC_000913/114667‑114935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |