Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 830,264 | A→G | L127P (CTC→CCC) | cecR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator CecR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 830,264 | 0 | A | G | 95.7% | 226.4 / ‑4.2 | 70 | L127P (CTC→CCC) | cecR | DNA‑binding transcriptional dual regulator CecR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (33/33); total (36/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGAGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTGCGCGAACA > NC_000913/830131‑830393 | cGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCATGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGgctgct > 1:439785/1‑140 (MQ=255) cGCATGGGTATGAAGGACCATGCGGGTGTCACTGGCGTCCCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGgctgct < 2:439785/140‑1 (MQ=255) tGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGTGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACg < 2:264035/140‑1 (MQ=255) tGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACg < 1:1460582/140‑1 (MQ=255) 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tCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTg > 1:1048132/1‑140 (MQ=255) cATGCGGGCGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGc > 2:54359/1‑140 (MQ=255) aTGCGGGTGTCATTGTCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCt < 1:448818/140‑1 (MQ=255) aTGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCt < 2:1048132/140‑1 (MQ=255) tGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGGCGTGGGATAGGGCTACTCACGAGAGATAAACTTGCTg > 1:736000/1‑140 (MQ=255) tGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGACTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTg > 1:971550/1‑140 (MQ=255) gCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGa > 2:82944/1‑140 (MQ=255) gggTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAgg > 2:1411686/1‑140 (MQ=255) gtgtCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGtt > 2:1180496/1‑140 (MQ=255) gtCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGa < 1:1402108/140‑1 (MQ=255) gtCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGa < 1:940498/140‑1 (MQ=255) gtCATTGGCGTCGCAGACGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGa < 2:926803/140‑1 (MQ=255) cATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACg < 1:168782/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGCAGCCGTTCCAGGCGGGAATCAGGCGTGACAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGAGCTGCTAACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGgt < 1:692600/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGgt < 1:82944/140‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGAGCTGCTCGCGGGAGTTAAACTGGCTGAGGTTGACGgt > 1:411213/1‑140 (MQ=255) ttGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGAGGCAATCACGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGgt < 2:669799/140‑1 (MQ=255) cGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGa > 1:1045523/1‑129 (MQ=255) cGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGa < 2:1045523/129‑1 (MQ=255) cAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTg > 1:919911/1‑140 (MQ=255) gTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGag < 1:1180496/140‑1 (MQ=255) gTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTAAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGag < 1:1534954/140‑1 (MQ=255) aaTCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCa > 1:916237/1‑140 (MQ=255) aaTCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGACTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCa < 2:971550/140‑1 (MQ=255) gtCAGGTGGCTGTGTCGCGGACTAAGCACGTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCa < 1:626190/140‑1 (MQ=255) gtCAGGTGCCTGTGTAGGGGACTAATCACCGTTCCCTGCCCCAGGTGGAAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCa < 2:736000/140‑1 (MQ=255) cAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAgg < 1:1351679/140‑1 (MQ=255) ggTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGgcg < 2:919911/140‑1 (MQ=255) gTGGCTGTGTAGCGGACTAATCCCCCGTTCGTGCACCCGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGgcgc < 1:470232/140‑1 (MQ=255) tgtgTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAgg 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1:858568/1‑140 (MQ=255) cTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAg > 2:1391509/1‑140 (MQ=255) cTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAg > 1:41406/1‑140 (MQ=255) ttCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCGTAATCATGCTCCCGCAGGCGCGAAGCATCACTTCACGGATGGCAGccc > 2:638339/1‑140 (MQ=255) cGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGa > 2:1339929/1‑140 (MQ=255) cGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCAGCAGGCGGGAAAGAGCAGTTCACGGATGGCAGCCCGa > 1:393531/1‑140 (MQ=255) gTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGAt 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(MQ=255) tggtAGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTgg < 1:1411686/140‑1 (MQ=255) aGGCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTgc < 2:1448786/140‑1 (MQ=255) gCTGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTgcgc > 1:1065880/1‑140 (MQ=255) tGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGATCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTGCGCGa > 2:1282425/1‑140 (MQ=255) tGCCGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGCTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGAAGGCACCCCGATCAGGCTGTGCATgcgcca > 2:114608/1‑138 (MQ=255) ccGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTGCGCGAAc > 1:952118/1‑140 (MQ=255) cGTGGGAGAGGGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTGCGCGAACa < 1:1391509/140‑1 (MQ=255) | CGCATGGGTATGAAGGATCATGCGGGTGTCATTGGCGTCGCAGCCGGTCCAGGCGGCAATCAGGCGTGTCAGGTGGCTGTGTAGCGGACTAATCACCTGTTCGTGCACCAGGTGGTAGGCTGCCGTGGGAGAGAGCTGCTCACGGGAGATAAACTTGCTGAGGTTGACGGTGTCATCCTGGGTGAGCAGCTTAATCATGTTCCTGCAGGCGCGAAGGATCAGTTCACGGATGGCAGCCCGATCAGGCTGTGGTTGCGCGAACA > NC_000913/830131‑830393 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |