Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,056,094 | A→G | Y29H (TAC→CAC) | torS ← | sensory histidine kinase TorS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,056,094 | 0 | A | G | 98.0% | 167.6 / NA | 49 | Y29H (TAC→CAC) | torS | sensory histidine kinase TorS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (22/26); minor base T (0/1); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGGCACTGGTCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATC > NC_000913/1055961‑1056228 | tCGGCACTGGTCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATcc < 2:1030285/140‑1 (MQ=255) ggCACTGGTCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCcca > 1:1229739/1‑140 (MQ=255) aCTGGTCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCccacca < 1:111475/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTa < 1:1039794/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTa < 2:848774/140‑1 (MQ=255) gTTCTGCGCGGCGAACAGTTCCCAGCCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTgg < 1:426088/140‑1 (MQ=255) gTTCTGCGCGGCGAAAACTTCCCAGGCGCTGTCTTTGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTgg < 2:542855/140‑1 (MQ=255) gcgcGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAgg < 2:780391/140‑1 (MQ=255) gcgAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATGCCGCCAGGGCACTGGTCAGGGTTaa > 1:722799/1‑140 (MQ=255) gcgAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCAGATAAAGCACAGATTGCGCCATCCCGCCAGCGTACTGGTCAGGGTTaa > 2:426088/1‑140 (MQ=255) aGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAgcgc < 2:212239/140‑1 (MQ=255) cTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCaaa > 2:772795/1‑140 (MQ=255) cTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCaaa > 2:1051698/1‑140 (MQ=255) ggCTTCGCTCAACTGGCGCGCCA‑ATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGcc < 2:770443/140‑1 (MQ=255) cTCAACTGGCGCGACATGATCACGGTAGGAAACAAGGCCCGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCa < 2:722799/140‑1 (MQ=255) cAACTGGCGCGCCATCTTCATGTTATGAACCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCaga < 1:703822/140‑1 (MQ=255) cAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCaga < 2:1229739/140‑1 (MQ=255) gcgcgcCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCAt > 2:232731/1‑129 (MQ=255) gcgcgcCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCAt < 1:232731/129‑1 (MQ=255) gcCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGt < 1:1039975/140‑1 (MQ=255) cATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCa < 1:129431/140‑1 (MQ=255) aGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCTCCATCAGGCCAATGCCAATCCAGAGTCTTCAGGTCAGGGTTAAATTCa > 2:475006/1‑140 (MQ=255) aGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCAACCAGAGGCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCa > 1:493172/1‑140 (MQ=255) gAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcg > 1:48918/1‑140 (MQ=255) gAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcg < 1:382420/140‑1 (MQ=255) aTCAATGCCTGAGTGTTTTCTTTTTCCACCTTGCTGATACAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggt < 2:493779/140‑1 (MQ=255) aaTGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtcgg < 2:254430/140‑1 (MQ=255) aaTGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtcgg < 2:145873/140‑1 (MQ=255) tGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTg < 2:48918/140‑1 (MQ=255) tGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGAGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACt > 1:493779/1‑140 (MQ=255) aGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACttt > 1:1431559/1‑140 (MQ=255) tgttgtCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGGCTTGGGGGCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAg > 2:534821/1‑140 (MQ=255) tgttgtCTTTTTCCACCTGGCTCATAAAGCGTAGGCTGTTCCATCCCATCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAg < 2:481734/140‑1 (MQ=255) ttgtCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGt > 2:103265/1‑140 (MQ=255) tCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGCTAAATTCAcggt < 1:867925/122‑1 (MQ=255) tCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGCTAAATTCAcggt > 2:867925/1‑122 (MQ=255) tGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTc > 2:1373128/1‑140 (MQ=255) gCTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGc > 2:1279431/1‑140 (MQ=255) cTGATAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCa < 2:1213400/140‑1 (MQ=255) aTAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAg < 1:1373128/140‑1 (MQ=255) aTAAAGCGCAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCGTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAg > 2:896267/1‑140 (MQ=255) gcgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGaa < 1:1279431/140‑1 (MQ=255) cgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAAt > 2:1061428/1‑140 (MQ=255) cgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAAt < 1:896267/140‑1 (MQ=255) cgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAAt > 1:277633/1‑140 (MQ=255) cgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAAt > 1:1338125/1‑140 (MQ=255) cgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAAt > 1:101335/1‑140 (MQ=255) cgcAGGTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATACACGGTCGATGCACTTGAGGTGAAACAGGTCGAGTCGCAAAGCGGAAt > 2:602023/1‑140 (MQ=255) cAGGTTGTGCCATCCTACCAGGCTAATGGCCAGGGTTCACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGc < 1:475006/140‑1 (MQ=255) gTTGTGCCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATc > 2:136730/1‑140 (MQ=255) | TCGGCACTGGTCAGGTTCTGCGCGGCGAAAAGTTCCCAGGCGCTGGCTTCGCTCAACTGGCGCGCCATATTCATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATC > NC_000913/1055961‑1056228 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |