| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 170,273 | A→G | S166G (AGC→GGC) | fhuC → | iron(III) hydroxamate ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 170,273 | 0 | A | G | 97.4% | 259.9 / NA | 78 | S166G (AGC→GGC) | fhuC | iron(III) hydroxamate ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (31/45); minor base T (1/1); total (32/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCGGCAGATCGCGAAAAAGTCGAGGAAGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATAGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGATGTGCTGTCGCTGGTGCACCGTTTAAGTCAGGAGCGTGGCCTGACGGTCATTGCCGTGTTGCACGATATCAATATGG > NC_000913/170138‑170408 | ggggCGGCAGATCGCGACAAAGGCGAGGAAGCTGTCTCGCTGGTTGGCGTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCg < 2:757145/140‑1 (MQ=255) gcggcAGATCGCGAAAAAGTCGAGGAAGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTg > 1:1216765/1‑140 (MQ=255) cgAAAAAGTCGAGGAAGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTcg < 1:767219/140‑1 (MQ=255) tCGAGGAAGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCg > 2:863990/1‑140 (MQ=255) gAGGAAGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGAc < 1:229374/140‑1 (MQ=255) aGGAAGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGAGCAGGATTGCCTTTATCTGTTACTCGACGAACCGAcc > 1:439150/1‑140 (MQ=255) ggAAGCTATCTCGCTGGTTGGCGTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTAGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCt < 2:507287/140‑1 (MQ=255) aaGCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCg < 2:182637/140‑1 (MQ=255) gCTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGgc > 2:1031728/1‑140 (MQ=255) cTATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGgcg < 1:1031728/140‑1 (MQ=255) tATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCg > 2:231294/1‑136 (MQ=255) tATCTCGCTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCg < 1:231294/136‑1 (MQ=255) aTCTCGCTGGTTGGCTTAAAGCCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGTGAACGTAAGCGGGCGTAGATCGTCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTTTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCt < 2:138098/140‑1 (MQ=255) cTGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGatat > 1:826171/1‑140 (MQ=255) tGGTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATc > 1:892283/1‑140 (MQ=255) gTTGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCGGGATGGGCGTTCTCTATTCTTCGACGAATCGACATCCGCGCTGGATATCGc > 2:661731/1‑140 (MQ=255) ttGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGcc < 1:183305/140‑1 (MQ=255) tGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATc > 1:1537386/1‑136 (MQ=255) tGGCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATc < 2:1537386/136‑1 (MQ=255) ggCTTAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCcca < 2:1216765/140‑1 (MQ=255) ttAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCccacca > 2:932004/1‑140 (MQ=255) ttAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTATCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCccacca < 2:568881/140‑1 (MQ=255) ttAAAACCGCTGGCGCATCGGCTGGCCGACAGTCTCTGTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCccacca < 1:661731/140‑1 (MQ=255) aaCCGCTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGCCTGTTGCTCGACGAACTGACCTCGGGGCTGTATATCGCCCACCAGGtt > 2:431917/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGAtgt > 1:937644/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGAtgt > 2:950840/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGAt < 1:1335422/138‑1 (MQ=255) cTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGAt > 2:1335422/1‑138 (MQ=255) cTGGCGCATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTAGCTCGACGAACCTACCTCGGCGCTGAATATAGCCCACCAGGTTGAtgt > 2:644424/1‑140 (MQ=255) gcgcATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGATGTGCt < 2:826171/140‑1 (MQ=255) gcATCGGCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGATGTGCTGt < 2:332256/140‑1 (MQ=255) gCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGATGTGCTGt < 1:555792/134‑1 (MQ=255) gCTGGTCGATAGTCTCTCTGGCGGCGAACGTCAGCGGGCGTGGATCGCCATGCTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGATGTGCTGt > 2:555792/1‑134 (MQ=255) gTCGATAGTCTCTCTGGTGGCGCACGTCAGGGGGCCTGGTTCGCCATGTTGGTGGCGCAGGATGGCCGTTGTCTGTTGCTCGACGAACCGACCTCGGCGCTGGATATCGCCCACCAGGTTGATGTGCTGTCGCTGGTGCa < 2:753273/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |