| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,305,170 | A→G | K139K (AAA→AAG) | oppD → | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter ATP binding subunit OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,305,170 | 0 | A | G | 98.3% | 210.4 / NA | 61 | K139K (AAA→AAG) | oppD | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter ATP binding subunit OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (41/18); minor base C (0/1); total (42/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAACTCAATAAACTGCGCGCTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAAGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATGGCCTTG > NC_000913/1305041‑1305302 | tGAACTCAATAAACTGCGCGCTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGt > 2:102304/1‑140 (MQ=255) aaaCTGCGCGCTGAACAAATCTCAATGATATTTCAGGTCCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTc < 1:544091/140‑1 (MQ=255) aCTGCGCGCTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCgg < 1:102304/140‑1 (MQ=255) tGCGCGCTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTg > 2:567827/1‑140 (MQ=255) gcgcTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCgg > 1:108835/1‑140 (MQ=255) gcgcTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCgg > 1:1365302/1‑140 (MQ=255) gcgcTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCgg > 2:1410112/1‑140 (MQ=255) cAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGa < 1:359645/140‑1 (MQ=255) aaaTCTCAATGATTTTTCAGGAACCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGAt < 1:567827/140‑1 (MQ=255) tcAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGt > 2:13364/1‑122 (MQ=255) tcAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGt < 1:13364/122‑1 (MQ=255) tttttCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATg > 2:915147/1‑140 (MQ=255) aGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGaa < 2:1365302/140‑1 (MQ=255) aGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGaa < 2:108835/140‑1 (MQ=255) aCCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAgcg > 2:1497427/1‑140 (MQ=255) ccAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGcgcg > 1:1033646/1‑140 (MQ=255) aaTGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTa > 1:827662/1‑140 (MQ=255) cTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGc > 2:214023/1‑140 (MQ=255) ttCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCa < 2:827662/140‑1 (MQ=255) ttGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGaa > 2:244588/1‑140 (MQ=255) ttGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGaa > 1:194485/1‑140 (MQ=255) ttGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGaa > 1:1301152/1‑140 (MQ=255) ttGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGaa > 2:1441263/1‑140 (MQ=255) tGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGaaa < 2:1033646/140‑1 (MQ=255) cccTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTa > 1:1098504/1‑140 (MQ=255) cTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTAcc > 1:627533/1‑140 (MQ=255) cgcgTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGa > 2:216673/1‑140 (MQ=255) cgTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAAt > 1:537120/1‑140 (MQ=255) cgTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAAt > 2:1390235/1‑140 (MQ=255) tCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGTCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAAttt > 1:329252/1‑140 (MQ=255) tCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAAttt > 1:1470225/1‑140 (MQ=255) tCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAAttt > 1:252914/1‑140 (MQ=255) ggTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAATCGCTTGAAAATGTACCCGCACGAATTTTc > 1:458741/1‑140 (MQ=255) aGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGATAAAGTACCCGCACGAATTTTCTggc > 1:739428/1‑140 (MQ=255) aGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTggc > 1:337741/1‑140 (MQ=255) gTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCa > 1:274526/1‑140 (MQ=255) ttGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGGATGGAAATGTACGCGCAAGAATTTTCTGGCGGCAt > 2:533134/1‑140 (MQ=255) ggAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTc > 1:76068/1‑140 (MQ=255) aaGTGCTGATGCTGCATTAGAACATGAGCAACGCTCAGGAGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAg < 2:458741/140‑1 (MQ=255) tGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGa > 2:380153/1‑140 (MQ=255) tGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGa > 2:964136/1‑140 (MQ=255) tGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAAGGTACCCGCACGGATGTTCTGGGGGCATGCGTCAGCGa > 1:394812/1‑140 (MQ=255) tGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATGTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTc > 1:755270/1‑140 (MQ=255) aTGCTGCATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAGTTTTCTGGCGGCAGGCGTCAGCGAGTCAt > 1:607213/1‑140 (MQ=255) gctgcATAAGAACATGAGCAATGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGa > 1:217484/1‑140 (MQ=255) gctgcATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGa > 2:1217723/1‑140 (MQ=255) gctgcATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGa < 2:627533/140‑1 (MQ=255) gctgcATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGGTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGGAAATGTACTCGCACGATTTTTCTGGTGGCAAGCGTCAGCGAGTCATGa > 2:663503/1‑140 (MQ=255) ctgcATAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGAt > 1:1439493/1‑140 (MQ=255) aTAAGAACATGAGCAAGGCTGAAGCGTTTTAAGAGTCTGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCg < 1:533134/140‑1 (MQ=255) tAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAg > 2:1390115/1‑124 (MQ=255) tAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAg < 1:1390115/124‑1 (MQ=255) tAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGa < 2:1301152/140‑1 (MQ=255) tAAGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGa < 2:1098504/140‑1 (MQ=255) aaGAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGAt < 1:244588/140‑1 (MQ=255) aGAACATGCGCAAGGCGCAGGCGTTTGAAGTGTTGCTGCTGATGCTCGGTGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATg < 2:755270/140‑1 (MQ=255) gAACATGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGTCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATgg < 2:329252/140‑1 (MQ=255) gAACATGAGCAAGGCTGAGGCGCTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATgg < 2:537120/140‑1 (MQ=255) tGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATGGCCTTg > 1:763358/1‑140 (MQ=255) tGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATGGCCTTg > 1:946155/1‑140 (MQ=255) tGAGCAAGGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATGGCCTTg > 2:1132254/1‑140 (MQ=255) | TGAACTCAATAAACTGCGCGCTGAACAAATCTCAATGATTTTTCAGGACCCAATGACTTCGTTGAATCCCTATATGCGCGTCGGTGAGCAGTTGATGGAAGTGCTGATGCTGCATAAGAACATGAGCAAAGCTGAGGCGTTTGAAGAGTCGGTGCGGATGCTCGATGCGGTAAAAATGCCGGAAGCGCGTAAACGCATGAAAATGTACCCGCACGAATTTTCTGGCGGCATGCGTCAGCGAGTCATGATTGCGATGGCCTTG > NC_000913/1305041‑1305302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |