| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 187,736 | A→G | G305G (GGT→GGC) | glnD ← | PII uridylyltransferase/uridylyl removing enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 187,736 | 0 | A | G | 98.8% | 291.1 / NA | 85 | G305G (GGT→GGC) | glnD | PII uridylyltransferase/uridylyl removing enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (34/50); minor base C (1/0); total (35/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTACCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGCAAAGCGAATACGCCACAATATATGCAGACATTCGTTTAAT > NC_000913/187601‑187868 | gATTGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCtt < 1:269486/140‑1 (MQ=255)gATTGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCtt < 2:150521/140‑1 (MQ=255) ttGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTTATCCTTCGTCAACCACTCGACCGGTTCGTTGCCTTcc > 1:660493/1‑139 (MQ=255) tGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGGGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGGAATCCTTCATCATCCGGTCGACCGGTTCGTTGCCTTcac > 2:484386/1‑140 (MQ=255) tGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTcac < 2:803676/140‑1 (MQ=255) tGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTcac < 1:996286/140‑1 (MQ=255) tGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTcac < 2:1070652/140‑1 (MQ=255) tGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTACGTTGCCTTcac < 2:68904/140‑1 (MQ=255) tGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCCTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTcac < 1:1476033/140‑1 (MQ=255) gACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTcacca < 2:14910/140‑1 (MQ=255) gTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTaa > 2:128352/1‑140 (MQ=255) gTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCACCATCCGCCCGAGCGTTTCGTTCCCTTCACCACTGTaa > 1:518361/1‑140 (MQ=255) gcggGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTg > 2:1449193/1‑140 (MQ=255) gggAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTggg < 2:865421/140‑1 (MQ=255) gggAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTggg < 2:351095/140‑1 (MQ=255) gggAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTggg < 1:357488/140‑1 (MQ=255) gggAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTggg < 1:172297/140‑1 (MQ=255) gggAAGGGCGAGGATCGCTTCAGCGTACATTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTggg < 1:646539/140‑1 (MQ=255) aaGGGCGAGGATGGGTTCATCGAACAGTTGCAGCAGGATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCCCCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGa < 2:1135130/140‑1 (MQ=255) gATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCt < 1:1092175/140‑1 (MQ=255) cTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCTCCAATGTCATTCAGACGCTGGACGACGCTAAGCTGGCGa > 2:523467/1‑140 (MQ=255) cTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGa > 2:1508382/1‑140 (MQ=255) cTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGa > 1:1036827/1‑140 (MQ=255) cATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCg < 1:128352/140‑1 (MQ=255) aTCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGa > 1:861584/1‑140 (MQ=255) aaCAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATaa < 2:1396370/140‑1 (MQ=255) aaCAGTTGCAGCAGCATCTGGTGGAGTTCACTGACGCGGAGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATaa < 2:595946/140‑1 (MQ=255) ttGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGc > 1:21315/1‑140 (MQ=255) cagcaTCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGCAATTCAGACGCTGGGCCACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGAATac > 2:914102/1‑139 (MQ=255) agcaTCTGCTTGAGTTCCCTGAAGCAGCGTCCAACTCGGCAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATc < 2:747198/140‑1 (MQ=255) gcaTCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTTGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCg > 2:296170/1‑140 (MQ=255) caTCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGt > 2:1215174/1‑140 (MQ=255) caTCTGGTTGAGTTCACTGACGCAGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCTACGCTAAGCTGGCGGTCGAATCACAGGCGATTATCGt > 1:747198/1‑140 (MQ=255) aTCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTa > 2:941794/1‑140 (MQ=255) aTCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTa > 1:1287297/1‑140 (MQ=255) tCTGGTTGAGTTCACTGTCGCGGCGTGTAACTCGGGAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTaa < 2:545069/140‑1 (MQ=255) tCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTaa > 2:1344367/1‑140 (MQ=255) gAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTga < 1:941794/140‑1 (MQ=255) gAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTga < 1:1215174/140‑1 (MQ=255) gAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTga < 1:234978/140‑1 (MQ=255) aGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTgac > 1:1163748/1‑140 (MQ=255) ttCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCGCTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGt < 2:151526/128‑1 (MQ=255) ttCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGt > 1:151526/1‑128 (MQ=255) ttCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTgacga > 1:925748/1‑140 (MQ=255) tCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTTGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTgacgac < 1:296170/140‑1 (MQ=255) cACTGACGCGGCGTGTATCGCGCAAGTAATCCTTCTTCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGAcc < 2:460844/140‑1 (MQ=255) cACTGACGCGGCGTGTAACGCGTAAGTAATCCTTCCTCATCCGCTCGATCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGAcc < 2:488599/140‑1 (MQ=255) cACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGAcc < 1:1508382/140‑1 (MQ=255) cACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGAcc > 2:306010/1‑140 (MQ=255) cACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCATAACGGCTGACGAcc > 1:396697/1‑140 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1:257284/140‑1 (MQ=255) gcgTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGAGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAggg < 1:1501201/140‑1 (MQ=255) cgTGTAACGCGGAAGTATTCCTCCATCATCCTCTCCACCCGTTCGTTGGCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGc < 2:480057/140‑1 (MQ=255) tAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATg > 1:1329735/1‑130 (MQ=255) tAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATg < 2:1329735/130‑1 (MQ=255) gcgGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGCAAAGCGaa < 1:1235476/140‑1 (MQ=255) ggAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGCAAAGCGAATa < 2:861584/140‑1 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(MQ=255) tcatcCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGAGCAGATGCAGGGAAAGGCGAATACGCCACAATATATGc > 1:606977/1‑140 (MQ=255) tcCGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGACTGACGACGAGATGCAAGGCAAAGCGAATATGCCACAATATATGcctg > 2:414895/1‑137 (MQ=255) ccGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGTTGCAGGGCAAAACGCATACGCCACAATATATGCAGAc > 1:662120/1‑140 (MQ=255) ccGCTCGACCGGTTCGTTGCCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGCAAAGCGAATACGCCACAATATATGCAGAc > 1:128719/1‑140 (MQ=255) gTTCGTTGCCTTCACCATTGTATTTCAGACGCTGGCCGACGCTAAGCTCGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGCAAAGCGAATACGCCACAATATATGCAGACATTCGTTTAAt < 2:396697/140‑1 (MQ=255) | GATTGGACGTGGTTTTTCGTCGGCGGGAAGGGCGAGGATGGCTTCATCGAACAGTTGCAGCAGCATCTGGTTGAGTTCACTGACGCGGCGTGTAACGCGGAAGTAATCCTTCATCATCCGCTCGACCGGTTCGTTACCTTCACCACTGTAATTCAGACGCTGGGCGACGCTAAGCTGGCGATCGAATAACAGGCGATTATCGTAACGGCTGACGACCAGATGCAGGGCAAAGCGAATACGCCACAATATATGCAGACATTCGTTTAAT > NC_000913/187601‑187868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |