| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,451,628 | A→G | V672A (GTG→GCG) | paaZ ← | oxepin‑CoA hydrolase/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,451,628 | 0 | A | G | 97.8% | 299.7 / ‑5.0 | 90 | V672A (GTG→GCG) | paaZ | oxepin‑CoA hydrolase/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (44/44); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCACCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAGGTGAGA > NC_000913/1451491‑1451762 | aGTGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGgccgcc < 1:1178228/140‑1 (MQ=255) gTGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGccgcca > 1:381533/1‑140 (MQ=255) gTGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGccgcca > 1:295986/1‑140 (MQ=255) tGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAg > 1:1067682/1‑140 (MQ=255) tGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCAATTAATCAACATAATCACCGTACTGCCTGGCCGCCAg > 1:732191/1‑140 (MQ=255) gATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCg > 1:1287900/1‑140 (MQ=255) aTGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATGAATCGACTAAAACACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGt > 1:633840/1‑140 (MQ=255) gCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCa < 2:260594/140‑1 (MQ=255) gCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCa < 2:1129293/140‑1 (MQ=255) gCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCa < 1:143048/140‑1 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> 1:926522/1‑140 (MQ=255) tACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAgcac < 1:1224673/140‑3 (MQ=255) cacaTCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCa < 2:773092/140‑1 (MQ=255) cacaTCATGCATAATGTGACAAAGTTACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCa < 1:548984/140‑1 (MQ=255) atcatGCATAATGTGCCAACGTAACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCg < 1:588289/140‑1 (MQ=255) atcatGCATAATGTGACGACGTGACAAAACTTATTGAAATAAAAGGGCCACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCg < 2:671144/140‑1 (MQ=255) atcatGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCg > 2:1388074/1‑140 (MQ=255) atcatGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCg < 1:1379973/140‑1 (MQ=255) catGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCggg > 2:373510/1‑140 (MQ=255) catGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCggg > 1:53794/1‑140 (MQ=255) atGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCgggg > 2:808945/1‑140 (MQ=255) atGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCAACGTGCTGCATGGACGCGAGCGTCAGGATTGGATACAGCGCCACCgggg > 2:399159/1‑140 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2:432096/140‑1 (MQ=255) aCCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTg > 1:1274612/1‑140 (MQ=255) aTTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGtttt > 2:1223171/1‑140 (MQ=255) ttAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGttttt > 2:1518337/1‑140 (MQ=255) ttAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGttttt > 1:65470/1‑140 (MQ=255) ttAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACAACACCTGGT‑GGCTTCTCTTCTGCGCTACGCTGttttt > 1:517021/1‑140 (MQ=255) 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1:591515/140‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTGCTGCGCTCCGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACa > 1:562512/1‑140 (MQ=255) ctgtcTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAgg > 1:1120989/5‑140 (MQ=255) ctgcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTTGGGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAg > 1:1390867/1‑140 (MQ=255) ctgcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAgg > 1:1536753/1‑140 (MQ=255) ctgcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAgg > 2:859635/1‑140 (MQ=255) gcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAgg > 2:311716/1‑138 (MQ=255) gcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAgg < 1:311716/138‑1 (MQ=255) gcCTGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAGGTg < 2:1185346/140‑1 (MQ=255) tGGCCGCCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAGGTgaga < 2:381533/140‑1 (MQ=255) | AGTGGATGCCCTGAAAATAGATGTACACATCATGCATAATGTGACAACGTCACAAAACTTAGTGAAATAAAAGGGCAACTATTCGCCGTTGCCCTTCATTCACCGATTAATCGACAAAATCACCGTGCTGCCTGGCCACCAGCGTCAGAATTGAATACAGCGCCACCGGGGTTTGATGCTGATTGAATACCTCTACAGCCCATTCCACCACACCTGTT‑GGTTTTTCTTCTGCGCTACGCTGTTTTTTCAGCGTCTTGCGCTTACAGGTGAGA > NC_000913/1451491‑1451762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |