| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,165,573 | (C)6→7 | intergenic (+52/‑95) | yegP → / → yegQ | DUF1508 domain‑containing protein YegP/putative peptidase YegQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,165,567 | 1 | . | C | 87.5% | 120.9 / 11.0 | 40 | intergenic (+46/‑101) | yegP/yegQ | DUF1508 domain‑containing protein YegP/putative peptidase YegQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base C (15/20); total (18/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
AGCCAGATGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑C‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAA > NC_000913/2165429‑2165682 | agccagATGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑c > 1:125723/1‑140 (MQ=255)agccagATGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑c > 1:212033/1‑140 (MQ=255) gATGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑c‑ccccc < 2:200509/140‑1 (MQ=255) tGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑c‑cccccca > 2:640282/1‑138 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATgcc < 1:39971/140‑1 (MQ=255) aaTCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATgcc < 1:122234/140‑1 (MQ=255) aaTCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATgcc < 2:812909/140‑1 (MQ=255) tctcGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATgcccg > 1:9458/1‑140 (MQ=255) aaTTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑CGCCCCCACGGCGGTAGAATGCCAGCCCTTAAAGTgggg > 1:275013/1‑140 (MQ=255) ttGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGc < 1:525643/140‑1 (MQ=255) tGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCa < 1:176019/140‑1 (MQ=255) gCCTCCGTTAAAGCCAAGGGCATAAGCCAGAAGGTAAAAGACAATACGAAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCAc < 2:395689/140‑1 (MQ=255) tCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGc < 1:175401/135‑1 (MQ=255) tCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGc > 2:175401/1‑135 (MQ=255) tCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTcc > 1:653198/1‑140 (MQ=255) ttAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTa < 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(MQ=255) cAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑C‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCg < 2:676506/140‑1 (MQ=255) aaaGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGAc < 2:772465/140‑1 (MQ=255) tAATTACGATGCCGGACGTGGGTTGATGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGaa < 1:349085/140‑1 (MQ=255) aaTTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGGAc > 2:610812/1‑140 (MQ=255) aCGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACgaga < 1:502212/140‑1 (MQ=255) tGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCATGTGAAGCTGATGTGACCTGTCCTCAGAACGAGAGAAt > 1:359547/1‑140 (MQ=255) tGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGACCGGCGCTGTACCAGAGCC‑CCCCCAAAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAAt < 2:359403/140‑1 (MQ=255) gTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTGAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTa < 2:212033/140‑1 (MQ=255) gTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTa < 2:125723/140‑1 (MQ=255) ggTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAAc < 2:653198/140‑1 (MQ=255) ttgGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGaa > 1:797395/1‑140 (MQ=255) ccGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTa < 2:745171/125‑1 (MQ=255) ccGGCGCTTTACCAGAGCC‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTa > 1:745171/1‑125 (MQ=255) | AGCCAGATGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑C‑CCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAA > NC_000913/2165429‑2165682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |