Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,210,473 | (C)6→7 | coding (1374/1845 nt) | yehQ → | SWIM zinc finger domains‑containing protein YehQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,210,467 | 1 | . | C | 88.9% | 82.8 / 4.0 | 27 | coding (1368/1845 nt) | yehQ | SWIM zinc finger domains‑containing protein YehQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base C (13/11); total (13/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCGATGGCGAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑T‑CCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAG > NC_000913/2210329‑2210600 | tGCCGATGGCGAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCTGGCATTGGGGCCTTACGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑T‑c > 1:437096/1‑140 (MQ=255) gAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑T‑ccc‑ccccgcct > 2:992902/1‑135 (MQ=255) gctgctGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGc > 2:662349/1‑140 (MQ=255) gctgctGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGc > 1:129366/1‑140 (MQ=255) tgTTAGCTCCCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCGGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTCCGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑GCC‑CCC‑CCCGCCTGCATACg < 2:231402/140‑1 (MQ=255) tgTTAGCTACCCGCAACGGCTTGAGCAGCGTGGTGTCGCCGTCGCCTGGTGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑GCC‑CCC‑CCCGCCTGCATACg < 2:335487/140‑1 (MQ=255) tgTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACg < 1:598472/140‑1 (MQ=255) cGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGAGCCGCTGTAGCCTGATACCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATc < 2:353778/140‑1 (MQ=255) aaCCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAgg > 2:546174/1‑140 (MQ=255) gCTTAAGCAGCGTTGTCCCGCTGTCGCCTGATGCCAGGATAATGTTGACCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGTTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑T‑CCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGAt < 2:294892/140‑1 (MQ=255) cTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGAt > 2:986481/1‑140 (MQ=255) cTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGAt < 1:613690/140‑1 (MQ=255) ttAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATa > 2:515786/1‑140 (MQ=255) tAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCGGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATaa < 1:546174/140‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATaa < 2:96348/140‑1 (MQ=255) ccGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGc < 1:662349/140‑1 (MQ=255) gCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACCCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCTTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCt > 2:94517/1‑140 (MQ=255) ccTGATGCCTGGAAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTCCGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTg < 2:721483/140‑1 (MQ=255) tGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAg < 1:94517/140‑1 (MQ=255) cAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATGGTGGCTTTGCGGGAATATTTCCGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGc < 1:772608/140‑1 (MQ=255) aGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTggg > 1:676361/1‑140 (MQ=255) aGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTggg > 1:227174/1‑140 (MQ=255) gcCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGAcagc > 1:848136/1‑140 (MQ=255) ccGGCCATTGTGGCTTATCGGGGATATTTCCGCGAGCTC‑C‑CCC‑CCCGCTTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGc < 2:437096/140‑1 (MQ=255) tgtgGCTTTGCGGGAATATTTAGCCCAGC‑GCC‑CCC‑CCCGTCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATgcg < 2:413244/140‑1 (MQ=255) tttGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGCTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTc > 1:413244/1‑140 (MQ=255) cGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTa > 2:887442/1‑140 (MQ=255) ttttCGCCAGC‑G‑C‑CCCATCCGCATGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGaa < 2:461404/140‑1 (MQ=255) tttACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGaa < 1:986481/140‑1 (MQ=255) ttACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAg < 1:992902/140‑1 (MQ=255) tACGCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAgg < 2:129366/140‑1 (MQ=255) gCCAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCCCCAGAAGGTGGATGCGAAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGa > 2:449227/1‑140 (MQ=255) cAGC‑G‑TCCCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCACACGCTGGATGCACATGTCATTGGCGGCGAAGGGGAAg > 1:461404/1‑140 (MQ=255) | TGCCGATGGCGAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGC‑G‑T‑CCC‑CCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAG > NC_000913/2210329‑2210600 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |