| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,800,268 | (T)8→9 | coding (698/699 nt) | waaY ← | lipopolysaccharide core heptose (II) kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,800,260 | 1 | . | T | 92.6% | 308.6 / 14.5 | 96 | intergenic (‑64/+7) | waaZ/waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaZ/lipopolysaccharide core heptose (II) kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/5); new base T (43/45); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TAATAACATCATCAGATATTTTATTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGT‑GGGA‑‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGAT > NC_000913/3800121‑3800394 | taataaCATCATCAGTTATTTTTTTTTCATTCAGGTTCTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGT‑GGGa < 1:299516/140‑1 (MQ=255)taataaCATCATCAGATATTTTATTTTCAATTAAGTTTTTAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGT‑GGGa < 2:451956/140‑1 (MQ=255) tcatcaGATATTTTATTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGT‑GGGA‑‑tt‑ttt‑ttt > 2:932102/1‑140 (MQ=255) tcaGATATTTTATTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGT‑GGGA‑‑tt‑ttt‑ttttag > 1:941902/1‑137 (MQ=255) 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< 1:338961/140‑1 (MQ=255) gACATGTAATTGT‑GGGATTTT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGctct > 1:248936/1‑140 (MQ=255) gACATGTAATTGT‑GGGAT‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGACAATAGCCTAGATATCTAATCTCATTGTTAAGACCGTAATGActgtctc > 2:372148/1‑134 (MQ=255) aCATGTAATTGT‑GGGAT‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTaa < 1:668290/140‑1 (MQ=255) aCATGTAATTGT‑GGGAT‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTaa < 1:851092/140‑1 (MQ=255) gTAATTGT‑GGGAT‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCa > 2:243072/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gt‑gGGAT‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGa > 1:36267/1‑140 (MQ=255) gt‑gGGAT‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCAT‑AAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGACCTCTAATCTCATCTTTGATACCGTAGTGACGCTCTAAGTCAATACGAt > 2:433549/1‑140 (MQ=255) | TAATAACATCATCAGATATTTTATTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGT‑GGGA‑‑TT‑TTT‑TTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGAT > NC_000913/3800121‑3800394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |