| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→9 | pseudogene (3955/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,124 | 1 | . | C | 95.0% | 123.2 / 0.2 | 41 | pseudogene (3963/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (21/17); total (23/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
TTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC > NC_000913/1594001‑1594255 | ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGCTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTTC‑‑CCCCCCCCAGGCATa > 2:111125/1‑140 (MQ=255) ttCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATT‑CCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGtt < 2:872381/140‑1 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCCCCAGGCATAACGtt > 2:1009331/1‑140 (MQ=255) gTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:1009331/140‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAcc < 1:560114/140‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTTATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt > 2:639519/1‑140 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt > 2:1002733/1‑140 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTc < 1:990799/130‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTc > 2:990799/1‑130 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGT‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgt > 2:581975/1‑140 (MQ=255) 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gTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:87570/140‑1 (MQ=255) ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGt > 2:107098/1‑140 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:623568/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTATTCATTTTAACCGTACCCCCATTCTCCAGATTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:268354/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:111125/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:233284/140‑1 (MQ=255) cTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGata < 1:948937/140‑1 (MQ=255) tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGatat > 1:999542/1‑140 (MQ=255) ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa < 1:619698/140‑1 (MQ=255) aTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtg > 2:649903/1‑140 (MQ=255) tGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATgtgt > 1:53816/1‑140 (MQ=255) 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1:595509/1‑140 (MQ=255) ccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc > 2:244144/1‑138 (MQ=255) ccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:244144/138‑1 (MQ=255) ggTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCag > 2:902964/1‑140 (MQ=255) gccgccGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATTTGTCGAATTGCCAAATTAATGGCAGAGTc > 1:464653/1‑140 (MQ=255) gccgccGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTc > 1:919497/1‑140 (MQ=255) aTAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCg > 2:255298/1‑140 (MQ=255) tAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTAGCCATATTAATAGCGGAGTCGGAACCGAAAGCAAttt > 1:336588/1‑140 (MQ=255) cacGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccc < 2:595509/140‑1 (MQ=255) cacGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATGAATTGCAGAGTCAGAACGGAAAGCAATTTcccccc > 2:312763/1‑140 (MQ=255) acGCAG‑TGC‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccccc > 2:90128/1‑140 (MQ=255) | TTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC > NC_000913/1594001‑1594255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |