| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→9 | pseudogene (3831/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 90.7% | 173.7 / 10.1 | 54 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base C (28/21); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
TAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGG > NC_000913/1594110‑1594380 | tAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTAGCCATATTAATAGCGGAGTCGGAACCGAAAGCAAttt > 1:336588/1‑140 (MQ=255) cacGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑c‑cc‑c‑c‑c < 2:595509/140‑1 (MQ=255) cacGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATGAATTGCAGAGTCAGAACGGAAAGCAATTT‑‑‑c‑cc‑c‑c‑c > 2:312763/1‑140 (MQ=255) acGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑c‑cc‑c‑c‑cc > 2:90128/1‑140 (MQ=255) ccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCcgt > 1:224511/1‑140 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCcgtcg < 1:639519/140‑1 (MQ=255) cAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCcgtcgt > 1:723049/1‑140 (MQ=255) aaCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGa > 2:829724/1‑140 (MQ=255) cATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATTCGTCGTACCCTGATAcgcc > 2:174668/1‑140 (MQ=255) cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt > 2:807517/1‑140 (MQ=255) aGTGGTGACATTTCCAGACATCACACCGCGGTTATGGGTATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgt < 1:306373/140‑1 (MQ=255) ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa > 2:716314/1‑140 (MQ=255) gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑C‑CC‑C‑C‑ACCACGATATCCGGCGTCCCCTGATATGCCGCGGAATCGTTGTTAagag > 2:306373/1‑140 (MQ=255) ttCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGACAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg < 1:1002733/140‑1 (MQ=255) cccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGa < 1:649903/140‑1 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa > 1:526491/1‑130 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa < 2:526491/130‑1 (MQ=255) acCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGACACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAccc > 2:6895/1‑140 (MQ=255) cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt > 1:956339/1‑140 (MQ=255) tATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGt < 1:829724/140‑1 (MQ=255) aTGGATATTAATGTGTTGACTTCCCTTATGAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc < 1:494768/140‑1 (MQ=255) gATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcaca > 1:829327/1‑140 (MQ=255) atTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCCGAATCGTTCTTAAGCGGCAGGATCCGGGTACACAGTTTTGTCACATCa > 2:494768/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:106069/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:655505/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:46905/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:568926/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:833768/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTAAAGAGACGGGATCCCGATACCACGTTTTGTCACATCacc > 2:453853/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCAGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:544222/1‑140 (MQ=255) aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 1:849556/140‑1 (MQ=255) tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:107098/140‑1 (MQ=255) tgtgTTGACTTGCCATATTAATCGCAGAGTCCGAACCGATAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:404690/140‑1 (MQ=255) tgtgTTGACTTGCCACATTAATCGCTGAGCCGGAACCCAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:312763/140‑1 (MQ=255) gtgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCTTTGTTAAGAGTCAGGAGCCCGGTACTCAGTTTTGTCACATCaccgcta > 2:436046/1‑140 (MQ=255) gtgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgcta < 1:581975/140‑1 (MQ=255) tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac < 2:809521/140‑1 (MQ=255) tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac > 2:245872/1‑140 (MQ=255) tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac < 2:723049/140‑1 (MQ=255) tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac > 2:837803/1‑140 (MQ=255) gtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:230469/1‑140 (MQ=255) gtTGACCTGCCATATTAATGGCAGAGTCAGAACCGAAAGCTATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCCTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:1013842/1‑140 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:210935/136‑1 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct > 1:210935/1‑136 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑CTCC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGGTTTTAAGAGCTAGGGTCCAGGTACCCACTTTTGGCACATCaccgctaccg > 2:266130/1‑140 (MQ=255) tGACTTGCCATATTAATTGCAGCGTCGGAACAGAAAGCAATTT‑‑‑C‑CC‑C‑CGCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgc < 2:336588/140‑1 (MQ=255) tGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgc > 2:643412/1‑140 (MQ=255) gACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgct < 1:807517/140‑1 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCC‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCTGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt > 2:933700/1‑140 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 1:94260/1‑140 (MQ=255) gCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCg < 2:106069/140‑1 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCCGGGAATCGTTGTTAAGAGCCAGGATCCCGGTACCCGGTTTTGTCACACCCCCGCTACCGCTGATACTGGGCGTCATCCCCCa > 2:723468/1‑140 (MQ=255) tCGGAACCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTTTGCGTCATCGCCCAGc > 1:669431/1‑140 (MQ=255) cGGAACCGAAAGCAACTT‑‑‑C‑CC‑CAC‑CCCACGATATCCGCCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 1:266130/140‑1 (MQ=255) gAACCGAAAGCAATTTCCCC‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 1:90128/140‑1 (MQ=255) aaCCGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 1:837803/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:245872/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATTT‑‑‑C‑CCTC‑C‑CCCATGAGATCAGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:436046/140‑1 (MQ=255) gCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:224511/140‑1 (MQ=255) gCAATTTC‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 1:716314/140‑1 (MQ=255) | TAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑‑C‑CC‑C‑C‑CCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGG > NC_000913/1594110‑1594380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |