| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,120,995 | T→C | N187S (AAC→AGC) | wcaJ ← | undecaprenyl‑phosphate glucose phosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,120,995 | 0 | T | C | 97.3% | 120.8 / NA | 37 | N187S (AAC→AGC) | wcaJ | undecaprenyl‑phosphate glucose phosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (16/20); minor base A (1/0); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACCGCGACCATGCGCTTGTT > NC_000913/2120866‑2121128 | gtgtCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCCGCTGTTGAAGGCTACCCGCCCTGTCGCTAGAAAcgcc > 1:429013/1‑140 (MQ=255) gtCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAAcgccgc > 2:545761/1‑140 (MQ=255) gtCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAAcgccgc < 1:436816/140‑1 (MQ=255) gtCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAAcgccgc > 1:94529/1‑140 (MQ=255) tCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTTCTCGACCAACTGATCCACGTTACCCACCCACGCGCTAGATAcctgtct > 2:487323/1‑134 (MQ=255) tCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACgccgcc < 2:698019/140‑1 (MQ=255) tCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACgccgcc < 2:233620/140‑1 (MQ=255) tCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACgccgcc < 1:944680/140‑1 (MQ=255) ccAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCTACCAGCTGGTGCTGGTGACCCGCCCGGTCGATAGAAACGCCGCCCGGt > 2:293508/1‑140 (MQ=255) gATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCggg < 1:636241/140‑1 (MQ=255) ccTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCccac < 1:551016/139‑1 (MQ=255) aCTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCccac < 2:640709/140‑1 (MQ=255) cTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCccacc < 2:94529/140‑1 (MQ=255) cgcgcgCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGGAACGCCGACCGGTTTCTGGTCTTGGTAAACGCCcaccac > 2:457886/1‑140 (MQ=255) cgcgcgCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCcaccac > 2:195079/1‑140 (MQ=255) cgcgcCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACtt < 2:607058/140‑1 (MQ=255) cgcCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGACCGGTTTCGGGTGGTGGGAAACGCCCACCACTTCa > 2:463341/1‑140 (MQ=255) gTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCTGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAAcc < 2:626112/140‑1 (MQ=255) tCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAAccc > 1:629090/1‑140 (MQ=255) cGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCt < 1:195079/140‑1 (MQ=255) acaTTTGCATCGCGATATAGACTTTATGAATCTTGGCCGGTTTCGCGTTCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAAc < 2:429013/140‑1 (MQ=255) aTCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTg < 1:797053/140‑1 (MQ=255) gTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCCCCAATTCCAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGctct > 2:416186/1‑140 (MQ=255) ttATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTTACAACGGCTGGTTACGGAAGCtctc > 1:379904/1‑140 (MQ=255) aTGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCa > 1:132213/1‑140 (MQ=255) aTGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCa > 2:534236/1‑140 (MQ=255) gCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCAttt > 2:50832/1‑140 (MQ=255) gCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCCAACCACGGCTGGTTTCGGAAGTTCTCCATCAGCAttt > 1:369380/1‑140 (MQ=255) tttCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCcgg < 2:211008/140‑1 (MQ=255) ttCGCGTCCTCGACCAGCTGTTCCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAACCGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCcggc < 2:284730/140‑1 (MQ=255) ccTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTaaa < 1:1000572/140‑1 (MQ=255) cTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTTCGGAAGCGCTCTATAAGCATTTGCCCGGCGGCTAAAt > 1:330881/1‑140 (MQ=255) tCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATc > 1:68659/1‑140 (MQ=255) aCCAGCTGTTGCAGGATACCCGTCCAGTCCCTAGAAATGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAACCCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATcccc < 1:416186/140‑1 (MQ=255) cAGCTGTTGCAGGTTTCCCGCCCAGCCGCCAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCg < 1:307763/140‑1 (MQ=255) cTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGATACGGAAGCTCTCCATTGGCATTTGACCGGATGCTAAATGCCCCGCCa > 2:469853/1‑140 (MQ=255) tggCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTGCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACcg < 1:853739/138‑1 (MQ=255) gCAGGTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACcgcg > 2:872583/1‑140 (MQ=255) ggTTACCCGCCCAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACCGCGAcc < 2:666509/140‑1 (MQ=255) cAGTCGCTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACCGCGACCATGCGCTTGtt < 1:545761/140‑1 (MQ=255) cAGTCGCTAGAAACGACGCCCGATTACGGTTCGTGGTTAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACCGCGACCATGCGCTTGtt < 1:469853/140‑1 (MQ=255) | GTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACCGCGACCATGCGCTTGTT > NC_000913/2120866‑2121128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |