| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,827,043 | G→A | A218T (GCG→ACG) | srlE → | sorbitol‑specific PTS enzyme IIBC1 component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,827,043 | 0 | G | A | 96.7% | 187.4 / ‑2.8 | 60 | A218T (GCG→ACG) | srlE | sorbitol‑specific PTS enzyme IIBC1 component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (31/27); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TGTATTAAAAACCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGT > NC_000913/2826907‑2827178 | tGTATTAAAAACCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGacgc > 2:981140/1‑140 (MQ=255) tATTAAAAACCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTc > 1:781900/1‑140 (MQ=255) ttAAAAACCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCAt > 2:29946/1‑140 (MQ=255) aaaaCCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTg > 1:1003726/1‑140 (MQ=255) aCCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCGATCCACTGGGTGTGGTCATGCGGACGCTCATCTGttc > 1:300558/1‑140 (MQ=255) aCCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCATTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttc > 2:464918/1‑140 (MQ=255) aCCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttc > 2:535017/1‑140 (MQ=255) aCCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttc > 2:680691/1‑140 (MQ=255) aCCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttc > 2:976419/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGTTGGCGAGCGATCGACTTGGGCTGGTGATGCCGACGCTCATCTGttcct > 2:293753/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttcct > 1:767340/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttcct > 2:505090/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttcct > 2:881655/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttcct > 2:206383/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttcct > 1:146944/1‑140 (MQ=255) cATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttcct > 1:114049/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGttccttc > 2:44473/1‑140 (MQ=255) tGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCa < 1:680691/140‑1 (MQ=255) tATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCttt < 2:105325/140‑1 (MQ=255) tATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCttt < 2:240057/140‑1 (MQ=255) gCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCAcc < 2:781900/140‑1 (MQ=255) tCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTc > 2:137677/1‑140 (MQ=255) cgcTCATTGGCATCATTATGGCCTCTGGCCTGGGTTACTCGATTGCCCTCGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCa < 2:300558/140‑1 (MQ=255) tCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgc > 2:20360/1‑140 (MQ=255) aTTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgcgc > 2:107970/1‑140 (MQ=255) ggCATCATTATGGCTCCTGGCCCTGCTGATTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGt < 1:280676/140‑1 (MQ=255) catTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCg < 1:206383/140‑1 (MQ=255) ttATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca < 1:148000/140‑1 (MQ=255) ttATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca < 1:758054/140‑1 (MQ=255) ttATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca < 1:508893/140‑1 (MQ=255) ttATGGCTTCTGGCCCTGGTGAGTGAATTTCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca < 1:320846/140‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCGTCCCACTGGTTTGACCATTCCTCGGGCCAGACGCAGTTATCGCACAgg > 2:280676/1‑140 (MQ=255) tCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCTACTGCTTTAACCCTTCATCGGCCCAAGCGCTGTTATCGCACAGGTTAt > 2:374130/1‑140 (MQ=255) tCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGCCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTAt < 1:464918/140‑1 (MQ=255) tCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCAAGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCATACGTCGGCCCAGGCGCACTTATCGCGCAGGTTAt > 2:465882/1‑140 (MQ=255) cTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca < 2:962244/131‑1 (MQ=255) cTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca > 1:962244/1‑131 (MQ=255) tGGCCTTGGTGACTGTATTGCCCACTGTCCTGCTCCGATGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg < 1:293753/140‑1 (MQ=255) tGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg > 1:98167/1‑140 (MQ=255) gCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGc < 1:899334/140‑1 (MQ=255) tGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattga < 2:767340/140‑1 (MQ=255) ggATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGc < 2:114049/140‑1 (MQ=255) ttGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTg < 2:98167/140‑1 (MQ=255) ttGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTg < 1:981140/140‑1 (MQ=255) ggTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTg > 2:101054/1‑139 (MQ=255) ggTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTg < 1:101054/139‑1 (MQ=255) gTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGt < 1:505090/140‑1 (MQ=255) cTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTTATTTGCGTGCAGAGTGGTCTCGGCAatat > 1:282755/1‑140 (MQ=255) cTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAatat > 1:675377/1‑140 (MQ=255) cTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAatat > 2:743570/1‑140 (MQ=255) cTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAatat > 2:870618/1‑140 (MQ=255) cGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTccg < 1:881655/140‑1 (MQ=255) aTCCACTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGTGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCAt < 1:137677/140‑1 (MQ=255) cTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGc < 1:44473/140‑1 (MQ=255) cTGGGTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGc < 2:146944/140‑1 (MQ=255) ggTCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGAAGATTGGGCTCAGCTATATTCCGCCGCATCTGGCttt > 1:490984/1‑140 (MQ=255) tCTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTAc < 1:875779/140‑1 (MQ=255) cTGGTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTAcc < 1:743570/140‑1 (MQ=255) gTCATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGc > 2:814193/1‑140 (MQ=255) cATGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCAc < 2:838389/140‑1 (MQ=255) aTGCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACt > 1:589558/1‑140 (MQ=255) gCTGACGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGt > 2:583191/1‑140 (MQ=255) | TGTATTAAAAACCATTCTGCCGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGT > NC_000913/2826907‑2827178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |