| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,052,554 | T→C | D322G (GAC→GGC) | ubiH ← | 2‑octaprenyl‑6‑methoxyphenol hydroxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,052,554 | 0 | T | C | 98.0% | 177.5 / NA | 51 | D322G (GAC→GGC) | ubiH | 2‑octaprenyl‑6‑methoxyphenol hydroxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (23/27); total (23/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGT‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGAT > NC_000913/3052419‑3052683 | aTGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTATCGACGCTTCTGATAATGGCACAATCCGCCGTAATCCCCCATGc‑cttc > 2:429747/1‑140 (MQ=255) cGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTcc > 2:1008933/1‑140 (MQ=255) gACAACCAGCGGTGCCCTACGGCTGGCAAAATGATTTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCt < 2:289158/140‑1 (MQ=255) aCCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAGAAGCTGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTgcgc < 1:377140/140‑1 (MQ=255) aCCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGT‑CTTCTCCGCGCTCCTgcgc < 2:591555/140‑1 (MQ=255) ccAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGcc > 2:37112/1‑140 (MQ=255) aGCGGTGCCCAACGGTT‑GCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGa < 2:102369/140‑1 (MQ=255) tGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCACTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCa > 1:176865/1‑140 (MQ=255) cccAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAAGACGCCGTAATCCACCATGC‑CTTCTCAGCGCCCCTGCGCCTGAGTCAgg > 2:306689/1‑140 (MQ=255) ttGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGc > 2:525877/1‑140 (MQ=255) ggCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCaa > 1:705503/1‑140 (MQ=255) ggCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCaa > 1:557042/1‑140 (MQ=255) tGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATcac < 1:104026/140‑1 (MQ=255) cTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCGGAGTCAGGGTTGCCACAAGACGCATCACATCTCGCAt > 1:475995/1‑140 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTTCTGCGCCTGAGTTAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCCCGCATAcc > 2:473838/1‑140 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCg > 2:852907/1‑134 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCg < 1:852907/134‑1 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATAcc > 2:11674/1‑140 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATAcc < 1:525877/140‑1 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATAcc > 2:32374/1‑140 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATAcc < 2:86962/140‑1 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATAcc > 2:576597/1‑140 (MQ=255) tCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATAcc < 1:201339/140‑1 (MQ=255) gCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTGGCATACCGATGTTAAACCCTTGccc > 1:456398/1‑140 (MQ=255) ttCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCgg < 1:935012/140‑1 (MQ=255) cgATCGCTCTGTCGATGCTGCTCATGACGGCACAATATGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAAt < 1:306689/140‑1 (MQ=255) cgATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAAt < 1:878528/140‑1 (MQ=255) tctGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGc < 1:37112/140‑1 (MQ=255) gctgctGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTgc < 2:508308/140‑1 (MQ=255) gctgctGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTgc > 2:947688/1‑140 (MQ=255) ctgctgATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTgcg < 1:985700/140‑1 (MQ=255) ctgATAACGGCACAATGCGCCGTTA‑CCCCCATCTGCCTCTCCACGCTCGTTAGCCTGAGGCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAAGTTAAACCCTTGGCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGcgccg < 2:476755/140‑1 (MQ=255) ctgATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGcgccg < 2:176865/140‑1 (MQ=255) ctgATAACGGCACAACACGCCGTAAGCCCTCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGcgccg < 1:473838/140‑1 (MQ=255) tgATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGcgccgc > 2:115851/1‑140 (MQ=255) gATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCa < 1:1008933/140‑1 (MQ=255) cGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGcc < 1:32374/140‑1 (MQ=255) ggCACAATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGccc > 1:647817/1‑140 (MQ=255) cacaATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCccac > 1:640406/1‑140 (MQ=255) cacaATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCccac > 1:824437/1‑140 (MQ=255) caATACGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGGAATCGGGTGCAGAGTTTCCGCCGCATTGCccacca > 2:455645/1‑140 (MQ=255) aCGCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCAc < 2:9332/140‑1 (MQ=255) gCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACgg > 2:172265/1‑140 (MQ=255) gCCGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACgg > 1:754946/1‑140 (MQ=255) cGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTa < 1:115851/140‑1 (MQ=255) cGTAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTa > 1:619583/1‑140 (MQ=255) tAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGTATTGCCCACCAGCACGGTACg < 2:606464/140‑1 (MQ=255) tAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACg < 1:11674/140‑1 (MQ=255) tAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACg > 2:711884/1‑140 (MQ=255) tAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACg < 2:754946/140‑1 (MQ=255) tAATCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACg < 2:792319/140‑1 (MQ=255) aaTCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGa < 2:705503/140‑1 (MQ=255) aTCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCATATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGAt < 1:184661/140‑1 (MQ=255) aTCCCCCATGC‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGAt < 1:2604/140‑1 (MQ=255) aTCCCCCATGC‑CTTCGCCGCGCTCCAGCGGCTGAGTACGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCACGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGAt < 1:429276/140‑1 (MQ=255) aTCCCCCACGC‑CTTCTTCGCGCTCCTGCGCCCGAGGCAGGGTTTCCGCCAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGAt < 2:475995/140‑1 (MQ=255) | ATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTACAAGGCTGTCCGTGACGCCAATGGTTGCTTCGCGATCGCTCTGTCGACGCTGCTGATAACGGCACAATACGCCGTAATCCCCCATGT‑CTTCTCCGCGCTCCTGCGCCTGAGTCAGGGTTTCCGCAAGACTCATCACATCTCGCATACCGAGGTTAAACCCTTGCCCGGCAATCGGGTGCAGAGTTTGCGCCGCATTGCCCACCAGCACGGTACGAT > NC_000913/3052419‑3052683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |