| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,121,258 | A→G | Y8H (TAT→CAT) | glcA ← | glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,121,258 | 0 | A | G | 99.3% | 554.0 / NA | 151 | Y8H (TAT→CAT) | glcA | glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (72/78); minor base C (1/0); total (73/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CAGGATAGATAATATAAGGGTTATTGCTCCAGCGACATGTCCTTTCAGACGTAATACCGCGAGTGCAACGAAGAAGAATATTATCGGGATCAGGGCGACCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATACATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCG > NC_000913/3121124‑3121391 | cAGGATAGATAATATAAGGGTTATTGCTCCAGCGACATGTCCTTTCAGACGTAATACCGCGAGTGCAACGAAGAAGAATATTATCGGGATCAGGGCGACCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCAttt < 2:677684/140‑1 (MQ=255) gatagataATATAAGGGTTATTGCTCCAGCGACATGTCCTTTCAGACGTAATACCGCGAGTGCAACGAAGAAGAATATTATCGGGATCAGGGCGACCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTggg < 1:153264/140‑1 (MQ=255) gataATATAAGGGTTATTGCTCCAGCGACATTTCCTTTCCGACGTAATACCGCGAGTGCAACGAAGAAGAATATTATCGGGATCAGGGCGACCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCa < 2:379176/140‑1 (MQ=255) taataTAAGGGTTATTGCTCCAGCGACATGTCCTTTCAGACGTAATACCGCGAGTGCAACGAAGAAGAATATTATCGGGATCAGGGCGACCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAgg < 1:694401/140‑1 (MQ=255) 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1:49427/140‑1 (MQ=255) aCCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAatat < 1:734182/140‑1 (MQ=255) ccAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAAtata > 2:17756/1‑140 (MQ=255) cAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAg < 1:649172/140‑1 (MQ=255) agCGGATAGCCCCAGTCTTCCCATCGGCATAGGCACTTGTGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCg < 2:365046/140‑1 (MQ=255) tAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCGTATGCATTTGGGTCCAAGTAACCATTTTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATAc < 2:351083/140‑1 (MQ=255) gCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACtt < 1:843153/140‑1 (MQ=255) gCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACtt < 2:1014550/140‑1 (MQ=255) gCCCCAGTCCTCCCATCCGCATCTGCATTTGCGTCCAGGTAACCATATAGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACtt < 2:372775/140‑1 (MQ=255) cccAGTCCTCCCATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATGCTTTa < 1:860932/140‑1 (MQ=255) cccATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCTAAAGAGGACTGATCTGCAAAATATAAGCGTAATACTTTACAGCAACAg > 2:403845/1‑140 (MQ=255) cccATCGGCATATGCATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAg > 2:616956/1‑140 (MQ=255) cGGCATATGCATTTGGGACCAGTTAACCATAGTGTTCAGCCTCTTATTTTCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTAcgc < 2:295057/140‑1 (MQ=255) | CAGGATAGATAATATAAGGGTTATTGCTCCAGCGACATGTCCTTTCAGACGTAATACCGCGAGTGCAACGAAGAAGAATATTATCGGGATCAGGGCGACCAGAGCGGATAGCCCCAGTCCTCCCATCGGCATATACATTTGGGTCCAGGTAACCATATTGTTCAGTCTCTTATTATCTTTATATGCTTGATATACTTAAGGTTGTAATAAGCAAAAGAGGACTGAACTGTAAAATATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCG > NC_000913/3121124‑3121391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |