| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,272,907 | C→T | A217A (GCG→GCA) | garL ← | alpha‑dehydro‑beta‑deoxy‑D‑glucarate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,272,907 | 0 | C | T | 97.2% | 109.6 / NA | 37 | A217A (GCG→GCA) | garL | alpha‑dehydro‑beta‑deoxy‑D‑glucarate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (21/14); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTGCGGTGGTGGTTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGCGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGCCGACGAAGATG > NC_000913/3272773‑3273042 | tgttgCGGTGGTGGTTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAg > 2:1004465/1‑140 (MQ=255) ttgCGGTGGTGGTTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGa > 2:543342/1‑140 (MQ=255) gCGGTGGTGGTTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATa < 1:94528/140‑1 (MQ=255) gCGGTGGTGGTTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATa > 2:104383/1‑140 (MQ=255) gtggtggtTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGgtgc > 2:852931/1‑130 (MQ=255) gtggtggtTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCCCATAGGATTCGACAGGTGCGAGGATAcct > 1:478172/1‑139 (MQ=255) tggtggtTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGc < 1:547458/140‑1 (MQ=255) gtggtTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATGACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTg > 2:657466/1‑140 (MQ=255) aTCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTCTGCCGTGCGCGCTgg > 2:63283/1‑140 (MQ=255) tCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGc < 1:125352/140‑1 (MQ=255) tCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGGGCGTGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGc > 2:396544/1‑140 (MQ=255) tCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTaaaa < 1:34990/140‑1 (MQ=255) gCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTg > 2:957976/1‑140 (MQ=255) gCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTg > 2:1000978/1‑140 (MQ=255) gAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGGTGGGTTTGACGTGCGCCCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCtt > 2:360874/1‑140 (MQ=255) cGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGt < 1:995631/140‑1 (MQ=255) gCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTa < 1:793913/140‑1 (MQ=255) gCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTa > 2:239802/1‑140 (MQ=255) cGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACa > 2:134946/1‑140 (MQ=255) cGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTACCGTGCGCCCTGCCCCGGTTAAAAACGTGCAGAATTGCTTTTTGTACa > 2:447878/1‑140 (MQ=255) agaTCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATc < 1:566150/140‑1 (MQ=255) agaTCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGAT‑ACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATcc > 2:1003372/1‑140 (MQ=255) cTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTCTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGgtg < 1:63283/140‑1 (MQ=255) cGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGAt < 1:243922/140‑1 (MQ=255) aCGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCgaga < 1:1000978/140‑1 (MQ=255) cgcgCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCTCGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTAGTACATCCGGGTGTGGTGCATTGCCGAGATGGc > 2:455996/1‑140 (MQ=255) cgcgCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGc > 1:1019630/1‑140 (MQ=255) cgacgCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATc > 2:188997/1‑140 (MQ=255) cgacgCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATc > 1:191754/1‑140 (MQ=255) cgacgCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATc > 1:131543/1‑140 (MQ=255) cgacgCGCATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATc > 2:99368/1‑140 (MQ=255) acgCGCATCGGCTTCTACCGGTTCGTGGACACCGCTGTGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGc < 1:424254/140‑1 (MQ=255) cgcATCGGCTTCGACTGGTGCGAGGATACCGCTGGGTGTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTgg < 1:360874/140‑1 (MQ=255) gcATCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCAGTGCCGAGGTGGGCTGATGCCGCGGCCAGATCGCTggg > 1:273642/1‑140 (MQ=255) cATCGGCTGCGACCGGCGCGAGGATACCGCAAGGTTTGCCGTGCGCGCCGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTgggg < 2:468802/140‑1 (MQ=255) aTCGGCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGc > 1:718576/1‑140 (MQ=255) caggCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGcc < 2:710865/138‑1 (MQ=255) ggCTTCGACCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGGGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGCcga < 1:957976/140‑1 (MQ=255) aCCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGGCTAATGCAGCGACCAGATCGCGGGGGCCGACGAAGAt > 1:312338/1‑140 (MQ=255) aCCGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGCCGACGAAGAt > 1:848697/1‑140 (MQ=255) ccGGTGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGCCGACGAAGATg < 2:718576/140‑1 (MQ=255) | TGTTGCGGTGGTGGTTATTTTTTAAAGGTATCAGCCAGTTTCTGAGTGGCAGAGCGGAAGACGCCGAGATCGCTGCCGACAGCCACAAACGTCGCGCCCCATTCCAGATAACGACGCGCATCGGCTTCGACCGGCGCGAGGATACCGCTGGGTTTGCCGTGCGCGCTGGCACGGTTAAAAATGTGCTGAATTGCTTTTTGTACATCCGGGTGTGATGCATTGCCGAGATGGCCTAATGCCGCGGCCAGATCGCTGGGGCCGACGAAGATG > NC_000913/3272773‑3273042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |