| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,284,724 | G→A | A14T (GCG→ACG) | agaC → | galactosamine‑specific PTS enzyme IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,284,724 | 0 | G | A | 94.8% | 178.1 / ‑0.7 | 58 | A14T (GCG→ACG) | agaC | galactosamine‑specific PTS enzyme IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (33/22); total (35/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGTGAATGTTTTCATTCAGGACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGGCGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGT > NC_000913/3284587‑3284859 | ggCGTGAATGTTTTCATTCAGGACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGgcgacg < 2:776957/140‑1 (MQ=255) cGTGAATGTTTTCATTCAGGACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGtt > 1:862195/1‑140 (MQ=255) gAATGTTTTCATTCAGGACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGt > 2:933565/1‑140 (MQ=255) ggACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGGCGTTAGTTTTTGTTCTGGGgat > 2:883903/1‑140 (MQ=255) gACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCTCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGgatt > 1:243036/1‑140 (MQ=255) aTCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGGCGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTgg < 1:883903/140‑1 (MQ=255) aTCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTgg < 1:960235/140‑1 (MQ=255) tCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGa > 2:131839/1‑140 (MQ=255) cAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGaa > 1:949046/1‑140 (MQ=255) cAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGaa > 2:82694/1‑140 (MQ=255) aaGAACAAATCCCTGTCTAAATATACAATTGCCTTAACATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCt < 1:293719/140‑1 (MQ=255) aaGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCt < 1:82694/140‑1 (MQ=255) aaTCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTAttttt > 1:565196/1‑140 (MQ=255) aCTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGcc > 2:529324/1‑140 (MQ=255) aTCTAAAATCGCCTTCATATTGGTTCGAGCTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATa < 1:365592/140‑1 (MQ=255) aTCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGCTTTTTGGGTGGAAGGCTTATTTTTATTCCGCCCGATa > 1:370791/1‑140 (MQ=255) cTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAAt < 2:949046/140‑1 (MQ=255) aTCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGttt < 1:414196/140‑1 (MQ=255) aTCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGttt < 1:792435/140‑1 (MQ=255) ccTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGTAAGCCTTATTTGTAGTCCGCCTGATAATCGTTTGTAc > 1:426562/1‑140 (MQ=255) ccTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTAc > 1:16402/1‑140 (MQ=255) ccTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCAGGAGGCCTTATTTTTAGTCCGGCCGATAATCGTTTGTAc > 2:269132/1‑140 (MQ=255) cTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGAGTTTTGGCTAGAAACCTGATTTTTATTCCGCTCGATAATCGTTTGTAcc > 2:290217/1‑140 (MQ=255) aaTATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTa < 2:243036/140‑1 (MQ=255) tatTGGTTTGAGGTAATAAAAACGCATGAAAGAACGCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAAc < 2:358411/140‑1 (MQ=255) tatTGGTTTGAGGTAACCAAAACGCATGAAAGAGCGCTAGTTCAGGGACTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAAc < 2:443105/140‑1 (MQ=255) gTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGGCGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCAATGATCGTTTGTACCCTAACTGgcg > 1:417504/1‑140 (MQ=255) gTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGgcg > 2:203378/1‑140 (MQ=255) gTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGgcg > 1:1007428/1‑140 (MQ=255) gTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGgcg < 2:149790/140‑1 (MQ=255) tGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTCTTCCGCCGGATAATCGTTTGTGCCCTAACTGGCGCTa > 1:443105/1‑140 (MQ=255) tGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAAc > 2:546737/1‑132 (MQ=255) tGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAAc < 1:546737/132‑1 (MQ=255) gTAATAAAAATGCATTAAATAACCCCACTCCAGGGATCATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATtct < 1:269132/140‑1 (MQ=255) gTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATtct < 2:225334/140‑1 (MQ=255) ataaAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCgg > 2:252742/1‑140 (MQ=255) ataaAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCgg > 1:527766/1‑140 (MQ=255) ataaAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCgg > 1:104424/1‑140 (MQ=255) taaAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGt < 1:933565/140‑1 (MQ=255) taaAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGt > 2:671363/1‑140 (MQ=255) aaaaaTGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTg < 1:529324/140‑1 (MQ=255) aTGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAg > 2:537241/1‑140 (MQ=255) tGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTTCCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGa < 2:565196/140‑1 (MQ=255) tGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGa < 1:92200/140‑1 (MQ=255) gAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGAc < 2:1007428/140‑1 (MQ=255) aaaTAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACt < 1:203378/140‑1 (MQ=255) aaTAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAg > 2:978331/1‑136 (MQ=255) aaTAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAg < 1:978331/136‑1 (MQ=255) tACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAAtt > 2:657980/1‑140 (MQ=255) tACTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAAtt > 1:717912/1‑140 (MQ=255) aCTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGAGATATTCAGACTGGCTTAATTa > 1:348967/1‑140 (MQ=255) cTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGa > 2:729221/1‑127 (MQ=255) cTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGa < 1:729221/127‑1 (MQ=255) cTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTAc > 2:21329/1‑140 (MQ=255) cTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTAc > 2:771748/1‑140 (MQ=255) cTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTAc > 2:844113/1‑140 (MQ=255) cTTCAGGGATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTCTACCCTAACTGGTGCTGTTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTAc > 2:370863/1‑140 (MQ=255) cAGGGATTATCCCTGCCGACGTTAGCTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTGCCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTACCgg < 1:370863/140‑1 (MQ=255) ggATTATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTACCggtgg > 1:926496/1‑140 (MQ=255) tATCCCTGGCGACGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTg > 2:769654/1‑140 (MQ=255) ggcgacGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGt < 2:717912/140‑1 (MQ=255) | GGCGTGAATGTTTTCATTCAGGACGTCCCTGGCGATCAAAAAGAACAAATCCCTGACTAAATCTAAAATCGCCTTAATATTGGTTTGAGGTAATAAAAATGCATGAAATAACCCTACTTCAGGGATTATCCCTGGCGGCGTTAGTTTTTGTTCTGGGGATTGATTTTTGGCTGGAAGCCTTATTTTTATTCCGCCCGATAATCGTTTGTACCCTAACTGGCGCTATTCTCGGTGATATTCAGACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGT > NC_000913/3284587‑3284859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |