| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,969,103 | A→G | T25A (ACC→GCC) | wzzE → | enterobacterial common antigen polysaccharide co‑polymerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,969,103 | 0 | A | G | 98.0% | 174.2 / NA | 50 | T25A (ACC→GCC) | wzzE | enterobacterial common antigen polysaccharide co‑polymerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (26/23); minor base T (0/1); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAACGCAGACTGCGTAGAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCT > NC_000913/3968968‑3969236 | aaaaCGCAGACTGCGTAGAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAGTGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCtt < 1:49089/140‑1 (MQ=255)aaaaCGCAGACTGCGTAGAAATCGTCGTGCCAGCCCCCATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCtt < 1:309942/140‑1 (MQ=255) aCTGCGTAGAAATCGTGGTGGCGGCGCCATTTTAACCGAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTgg < 1:445729/140‑1 (MQ=255) aCTGCGTAGAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAAATGGATATGCGTTGGTTGTTTCTTGCCTTGTGGGCTgg > 1:319325/1‑140 (MQ=255) gCGTAGAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGaa > 2:241712/1‑140 (MQ=255) aGAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTa < 2:246834/140‑1 (MQ=255) gAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTAt < 1:744162/140‑1 (MQ=255) gtggtgGCAGCCCCACTTTTACGAACTAACTGAGGATCTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGatta < 1:280435/140‑1 (MQ=255) gtggtgGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGatta > 1:672532/1‑140 (MQ=255) gtggtgGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTGGTTACGTGCCTTATGGGCTGGGAAGCTATGGatta > 2:340836/1‑140 (MQ=255) gtggtgGCAGCCCCAATTTAACAAATTAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGatta < 1:340836/140‑1 (MQ=255) tggtggCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGattat < 1:531121/140‑1 (MQ=255) tggtggCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTAGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGattat < 2:837582/140‑1 (MQ=255) gCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCa < 2:783799/140‑1 (MQ=255) gCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCa < 1:839599/140‑1 (MQ=255) ttAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCg < 1:29834/140‑1 (MQ=255) aCCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGttt > 1:936932/1‑140 (MQ=255) aaataaatGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCg < 1:729528/140‑1 (MQ=255) ggATGTGATGACACAACAAATGCCTGGGAAAACGGCCGAGGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCgcgc < 2:319325/140‑1 (MQ=255) aTGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTg > 2:858181/1‑140 (MQ=255) aTGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTg > 2:950483/1‑140 (MQ=255) tgtgATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGTAGCTATGGCTTAGTAGAATGGGGCTAGCGTGTGCGTTAATCGCGCTgg > 2:456682/1‑140 (MQ=255) atgaCACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGta > 1:562038/1‑140 (MQ=255) cacaACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACg > 1:973032/1‑140 (MQ=255) aaCCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGttt > 2:116288/1‑140 (MQ=255) aaCCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGttt > 1:115330/1‑140 (MQ=255) tGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCt > 1:812289/1‑140 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTc < 2:555272/140‑1 (MQ=255) ggAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAg > 2:577943/1‑140 (MQ=255) ggAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAg < 1:116288/140‑1 (MQ=255) ggAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAg < 2:109414/140‑1 (MQ=255) gAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAgg > 1:859304/1‑140 (MQ=255) gAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGGATACGTTTTTTGCTCGTCAgg > 2:962010/1‑140 (MQ=255) cGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATAGGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTgg > 1:498796/1‑140 (MQ=255) cGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTgg > 1:559633/1‑140 (MQ=255) aaGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCg < 1:950483/140‑1 (MQ=255) aaGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCg < 1:858181/140‑1 (MQ=255) cGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACgg < 2:559633/140‑1 (MQ=255) aaCTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGAt > 1:918194/1‑140 (MQ=255) ggATATTCGTGGGTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTc > 1:787179/1‑140 (MQ=255) ggATATTCGTGGGTTCTTTCGTTCCTTGTTGGCTGGGTAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTc < 1:456682/140‑1 (MQ=255) gATATTCGTGGGTTGTTGCGTGCCTTGTGGGGTTGCAAGGTATGGATTTTTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTcc < 2:498796/140‑1 (MQ=255) ggTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCa > 2:25305/1‑131 (MQ=255) ggTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCa < 1:25305/131‑1 (MQ=255) ggTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAat > 1:965501/1‑140 (MQ=255) ggTTGTTTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAat > 2:630909/1‑140 (MQ=255) ttgttTCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAatat > 1:89022/1‑140 (MQ=255) tttCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCt > 1:597213/1‑140 (MQ=255) tttCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGA‑TATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACgg > 1:84806/1‑129 (MQ=255) tttCGTGCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGA‑TATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACgg < 2:84806/129‑1 (MQ=255) | AAAACGCAGACTGCGTAGAAATCGTGGTGGCAGCCCCAATTTAACCAAATAAATGAGGATGTGATGACACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTTTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCT > NC_000913/3968968‑3969236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |