| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,173,834 | A→G | E251E (GAA→GAG) | birA → | DNA‑binding transcriptional repressor/biotin‑[acetyl‑CoA‑carboxylase] ligase BirA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,173,834 | 0 | A | G | 98.8% | 295.4 / ‑4.6 | 87 | E251E (GAA→GAG) | birA | DNA‑binding transcriptional repressor/biotin‑[acetyl‑CoA‑carboxylase] ligase BirA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (52/33); total (53/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
TCAACATGGCAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAACTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCATTGGTGATAAAGAAATATTTGGCATTTCACGCGGAATAGACAAACAGGGG > NC_000913/4173701‑4173969 | tCAACATGGCAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTc < 2:111814/140‑1 (MQ=255) ggCAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACaag > 2:812741/1‑140 (MQ=255) ggCAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACaag > 1:254180/1‑140 (MQ=255) cAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCGATGCTAATACGTGAATCACGTGCTGGGTTGTAGCTCTTCGAACaagaa > 2:260327/1‑140 (MQ=255) tGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGa > 1:634856/1‑140 (MQ=255) tGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGa < 2:634856/140‑1 (MQ=255) ccGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTCATTAGGCGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTgg < 1:356502/140‑1 (MQ=255) ccGTGTTGAAGAGAGTGCCGTTTATCAGGGGTGGATCACTCTGCAGGACGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTgg < 2:274150/140‑1 (MQ=255) aaGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTAt > 2:960192/1‑140 (MQ=255) agTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTGGAATAAGAAGGATGGGCACCTTATCTGTc > 1:266961/1‑140 (MQ=255) agTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTc > 1:624661/1‑140 (MQ=255) agTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTc > 1:18495/1‑140 (MQ=255) agTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAAAAAAAAGGATAGGCACCTTATCTGTc > 1:491922/1‑140 (MQ=255) agTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTGGGAGCTCGTCGAACAAGAAGGGTTGGCACCTTATCTGTc > 2:298180/1‑140 (MQ=255) tgtCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCGATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTcgc > 2:536482/1‑140 (MQ=255) tgtCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTcgc > 2:966953/1‑140 (MQ=255) tgtCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTcgc > 1:63441/1‑140 (MQ=255) tgtCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTcgc > 1:767254/1‑140 (MQ=255) tCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCgcgc > 1:872124/1‑140 (MQ=255) cGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCt > 2:62809/1‑140 (MQ=255) ttAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTgg > 2:210714/1‑140 (MQ=255) tAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTggg < 2:584147/140‑1 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aTCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGcc > 2:226029/1‑123 (MQ=255) aTCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCAtt < 2:152779/140‑1 (MQ=255) aTCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGATGGGAAAATCTGGATACTTTTATTAGTCGCACAGTGAAACTTATCAtt > 2:302302/1‑140 (MQ=255) cGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCATTgg < 2:872124/140‑1 (MQ=255) tAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCATTGGTg > 1:244161/1‑140 (MQ=255) tAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCATTGGTg > 2:878834/1‑140 (MQ=255) 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tGGAGCTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCATTGGTGATAAAGAAATATTTGGCATTTCACGCGGAATAGACAAACAgggg < 2:692842/140‑1 (MQ=255) | TCAACATGGCAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAACTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAATTTTATTAATCGCCCAGTGAAACTTATCATTGGTGATAAAGAAATATTTGGCATTTCACGCGGAATAGACAAACAGGGG > NC_000913/4173701‑4173969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |