Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,606,796 | C→T | R233C (CGC→TGC) | lsrF → | 3‑hydroxy‑2,4‑pentadione 5‑phosphate thiolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,606,796 | 0 | C | T | 96.6% | 168.2 / NA | 59 | R233C (CGC→TGC) | lsrF | 3‑hydroxy‑2,4‑pentadione 5‑phosphate thiolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/29); minor base G (2/0); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
CGCTCGCGACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGCGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTACAGGCGGTGG > NC_000913/1606662‑1606916 | cgctcgcGACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCTATTGTTATCGCTGGCGGTAAAAGATTACCGGAGTGCGAg > 2:479326/1‑140 (MQ=255) ctcgcGACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGgc > 1:803208/1‑140 (MQ=255) ctcgcGACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGgc > 2:788449/1‑140 (MQ=255) cgcgACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGgcgc < 1:564548/140‑1 (MQ=255) gcgACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCt < 1:248548/140‑1 (MQ=255) gcgACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGT‑AAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTg > 2:671883/1‑140 (MQ=255) cgACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTg > 1:223666/1‑140 (MQ=255) aCTCGAATCGCCGCTCAAATGGCGGCGCATATTATCAGAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAATATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGa < 1:343969/140‑1 (MQ=255) cGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAAt < 2:86102/140‑1 (MQ=255) gccgcTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGACGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTg < 1:509914/140‑1 (MQ=255) ncgcTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTTCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTgg < 2:117716/139‑1 (MQ=255) ccgcTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTgg < 2:81397/140‑1 (MQ=255) aggcTGAAATGGGGGCGGAAATCATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGTTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAGATGTGCTgg < 2:352813/138‑1 (MQ=255) cgcTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGGGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGc > 2:122978/1‑140 (MQ=255) gcTGAAATGGGGGCGCAGATTATCAAAACCTATTACGTCCAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCa < 2:407504/140‑1 (MQ=255) gcTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCa < 2:223666/140‑1 (MQ=255) gcTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCa < 2:196120/140‑1 (MQ=255) ggggCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGa > 1:590409/1‑140 (MQ=255) gggCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGAt < 2:50920/140‑1 (MQ=255) ggCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTCGAGATGTGCCGGCAGGCTATCGact > 1:352813/1‑138 (MQ=255) cgcAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAg > 1:688586/1‑140 (MQ=255) cgcAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAg > 1:20121/1‑140 (MQ=255) gcAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGCGACGCTGGAAATTTGCTTGCAGGCTATCGATCAgg > 2:465084/1‑140 (MQ=255) cAAATTATCAAAACCTATTATGTCGGAAAGGGTTTTGTACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAggg < 1:465084/140‑1 (MQ=255) cAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAggg < 1:561009/140‑1 (MQ=255) cAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAggg > 2:22706/1‑140 (MQ=255) ttATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGT‑AAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCtt < 1:671883/140‑1 (MQ=255) tATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAggg > 1:1015290/1‑135 (MQ=255) tATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAggg < 2:1015290/135‑1 (MQ=255) tATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCtt < 1:865505/140‑1 (MQ=255) aaaaCCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGGCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTgg < 1:946549/140‑1 (MQ=255) aaCCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGgtg < 1:573748/140‑1 (MQ=255) ttatGTCGAAAAAGGTTTTTAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGata > 1:8684/1‑140 (MQ=255) ttatGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTgg > 1:810004/1‑132 (MQ=255) ttatGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTgg < 2:810004/132‑1 (MQ=255) ttatGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGata > 2:571581/1‑140 (MQ=255) atGTCGAAAAAGGTTTTGAACGCATTGTTGCCGGATGCCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATg < 1:363512/140‑1 (MQ=255) atGTCGAAAAAGGTTATGAACGTATAGTTTCCGGATGCCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATg < 1:479326/140‑1 (MQ=255) tCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATgggg > 2:206281/1‑140 (MQ=255) cGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGc > 1:202529/1‑140 (MQ=255) gAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCg < 1:22706/140‑1 (MQ=255) gAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGGGCGAGGCGCTGGAAAAGTGCTGGCTGGCAATCGATCAGGGCTCTTCTGGTGTGGATATGGGGCg > 2:363512/1‑140 (MQ=255) aaaaaGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAAGCTTTCGATCAGGGCGGTTCTAGTGTGGATATGGGGCGt > 2:312617/1‑140 (MQ=255) aaaaGGTTTTGAACGGATTGTTTCCTGATTTCCGGTATCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTa < 1:312617/140‑1 (MQ=255) ggTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAatat > 2:167708/1‑140 (MQ=255) gATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTg > 1:799391/1‑140 (MQ=255) aTTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGa > 2:577341/1‑140 (MQ=255) tgttgCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGAcc > 1:24847/1‑140 (MQ=255) tgCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATc > 1:531218/1‑140 (MQ=255) gATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCGTCTGGTGGTGATATGGAGCGTAATATTTTCGAGTCTGACCATCCGGTg > 2:300630/1‑140 (MQ=255) tCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCga < 2:531218/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGaaa < 2:590409/140‑1 (MQ=255) tGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCg > 2:874482/1‑140 (MQ=255) ttATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTa < 1:122978/140‑1 (MQ=255) ttATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTa < 1:58901/140‑1 (MQ=255) tATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTAc > 1:907067/1‑140 (MQ=255) tGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTACAgg > 1:242140/1‑140 (MQ=255) ggCGGTAAAAAATTACCGGGGTGCGAGGCGCTGGAAATTTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTGTGGTGTGGCTATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGGTGAGAGCGGTACAGGCggg > 2:598529/1‑139 (MQ=255) ggCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTa < 2:1014661/132‑1 (MQ=255) ggCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTa > 1:1014661/1‑132 (MQ=255) gCGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTACAGGCggtg > 2:514452/1‑140 (MQ=255) cGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGATCATCCGGAGGCGATAATGAAAGCCGTACAGGCggtgg > 1:324121/1‑140 (MQ=255) cGGTAAAAAATTACCGGAGTGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTACAGGCggtgg > 1:31328/1‑140 (MQ=255) | CGCTCGCGACTCGAATCGCCGCTGAAATGGGGGCGCAAATTATCAAAACCTATTATGTCGAAAAAGGTTTTGAACGGATTGTTGCCGGATGTCCGGTACCCATTGTTATTGCTGGCGGTAAAAAATTACCGGAGCGCGAGGCGCTGGAAATGTGCTGGCAGGCTATCGATCAGGGCGCTTCTGGTGTGGATATGGGGCGTAATATTTTCCAGTCTGACCATCCGGTGGCGATGATGAAAGCCGTACAGGCGGTGG > NC_000913/1606662‑1606916 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |