Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→7 | pseudogene (3955/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,594,125 | 0 | C | . | 98.2% | 447.8 / 1.2 | 109 | pseudogene (3962/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (46/61); total (47/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑C‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCC > NC_000913/1593986‑1594251 | aaCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c > 1:1784388/1‑140 (MQ=255) aaCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c > 2:1801324/1‑140 (MQ=255) aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCATGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c‑c > 1:965842/1‑140 (MQ=255) catcaGGCCATTGTTTCTGGTATAGTTGCCGTTAATGGTCAGTACATTTCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c‑ccccc < 2:848188/140‑1 (MQ=255) catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c‑ccccc < 2:1654229/140‑1 (MQ=255) atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c‑cccccc > 1:1367932/1‑140 (MQ=255) ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑c‑ccccccaggc > 1:60586/1‑136 (MQ=255) gCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCa < 1:511626/140‑1 (MQ=255) gCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCa < 1:1428663/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCTTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCAt < 1:2301894/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCAt < 2:2047133/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCAt < 2:1803430/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCAt < 2:428814/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCAt < 1:1975233/140‑1 (MQ=255) ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCAt < 1:1801324/140‑1 (MQ=255) tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGAGACACAGTG‑‑‑CGCCCCCAGGCATAACg > 1:711022/1‑140 (MQ=255) tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATa > 2:2035697/1‑137 (MQ=255) tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACg > 1:1727243/1‑140 (MQ=255) tGTTTCCGGTATAGTAGCCGTTTACTGTCTGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACg < 1:1033443/140‑1 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCGTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCat > 2:1449443/1‑140 (MQ=255) aGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt > 1:1078699/1‑140 (MQ=255) aGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt > 2:2471320/1‑140 (MQ=255) gTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTg < 1:326112/140‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CACCCCCCGAGGCATCACGTTCATATCACCt > 1:1218596/1‑140 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGc > 2:2038086/1‑140 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGc > 1:115681/1‑140 (MQ=255) cGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtg > 2:1003794/1‑140 (MQ=255) aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGAc < 2:1367932/140‑1 (MQ=255) tCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTCTTCTTTTTAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAttt < 2:876025/140‑1 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTTGCTGTTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACATTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:999043/140‑1 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCGTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:1449443/140‑1 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:554355/140‑1 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTACCCCTTTCGCTATCCATCTGACCCGTGCCGTCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:711022/140‑1 (MQ=255) gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTccc < 2:164561/140‑1 (MQ=255) gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGGGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTccc < 2:115681/140‑1 (MQ=255) aCATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 2:2155050/140‑1 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGGCATTTCCCGACATc > 1:1874333/1‑140 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATc > 2:1523849/1‑140 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTGGCTAGTCATTTGACCCGGGCCCCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 2:1039740/140‑1 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:371504/140‑1 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 2:258362/140‑1 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 2:1784388/140‑1 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTGCATATCACCTGCAGTGGGAACATTTCCCGACATca > 2:1166993/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:614888/1‑139 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:614888/139‑1 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACAcc > 1:2235373/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACAcc > 2:2426282/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACAcc > 1:2412325/1‑140 (MQ=255) gTTTCCCCCCTTCGCTCTTCATGTGAACCGGTCCGTCATTCTCCAGGTAGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:1188636/140‑1 (MQ=255) gTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:87949/140‑1 (MQ=255) tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc > 2:1382151/1‑140 (MQ=255) tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑‑CCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCt < 2:461200/140‑1 (MQ=255) ttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCt > 1:1188636/1‑140 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTg > 2:1568356/1‑140 (MQ=255) cccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:60586/140‑1 (MQ=255) cccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 1:1237803/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCCGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:1336177/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCtattat < 1:188101/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:1529135/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:1643066/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:2471320/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:2412325/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:1235363/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTTAAACCGTGCCGCCAATCTACAGTTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:965842/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATTCCAACCGTGCCGCCATTTTCCAGGTTGCCGCCCATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:1078699/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATCTGAACCGTGACGCAATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:845036/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATCTGAACCATGTCGCCATTCTCCCGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:1040063/140‑1 (MQ=255) cccTTCGCTATTCATATGAACCATGACGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:1166993/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGTCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc > 1:1975919/1‑132 (MQ=255) cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGTCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc < 2:1975919/132‑1 (MQ=255) ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 2:618402/1‑140 (MQ=255) ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCACGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 2:1439956/140‑1 (MQ=255) tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTa > 2:1390700/1‑135 (MQ=255) tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGat > 2:2146624/1‑140 (MQ=255) cGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGata < 1:1568356/140‑1 (MQ=255) cTATTCATTTGAACCGTGCCGCGATTCTCCACGTTTCCGGCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 2:1056549/140‑1 (MQ=255) tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa > 1:1999661/1‑140 (MQ=255) tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa < 1:2038086/140‑1 (MQ=255) tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTa > 1:2444596/1‑140 (MQ=255) aTTTGAACCGTGCCGCCATTCTTCAGGTTGCAGCCGATAGTGGTTTTAACGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtgtg < 2:974440/140‑1 (MQ=255) ttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGGGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAATGGGGACATTTCTCGAAATCACACCTCTGTTATGGATATTAATGTGtt > 2:1096479/1‑140 (MQ=255) aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCTGACATCAAACCTCTATTATGGCTATTAATGTGTTGAc > 1:1056549/1‑140 (MQ=255) aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt > 1:1477231/1‑140 (MQ=255) ccGTGCCGTCATTCTCCCGGTTGCCGCCGATTGTGCTTTTAGCGACACCCAGTGCC‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 2:1218596/140‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACtt < 2:48336/140‑1 (MQ=255) gTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑‑CCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:2298687/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCGAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTGGcc > 2:2182942/1‑140 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTGGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:1003794/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:618402/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTCATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc > 1:978401/1‑140 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAGCACACCGTTGTTATAGATATTTATGTGTTGACTTGcc > 1:974440/1‑140 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAG‑GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCa > 1:340540/1‑140 (MQ=255) ttGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGGCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTc < 2:1874333/140‑1 (MQ=255) gccgccGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGTTATTAATATGTTGACTAGCCACATTAATGGCAGAGTCgg > 2:1115353/1‑140 (MQ=255) gccgccGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCgg > 1:200786/1‑140 (MQ=255) gccgccGATAGTGGATTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCgg > 1:1826660/1‑140 (MQ=255) ccgccgATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGa > 1:2049140/1‑140 (MQ=255) cgccgATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTCGACCTGTCATATTTATGGCAGAGTCGGaa > 1:971875/1‑140 (MQ=255) ttAGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTc > 1:159271/1‑140 (MQ=255) aGCGACACGCAGTG‑‑‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc > 1:1964422/1‑140 (MQ=255) | AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑C‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCC > NC_000913/1593986‑1594251 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |