| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,786,623 | (A)6→5 | pseudogene (227/2253 nt) | ygaQ → | putative uncharacterized protein YgaQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,786,618 | 0 | A | . | 99.7% | 1453.2 / ‑2.1 | 343 | pseudogene (222/2253 nt) | ygaQ | putative uncharacterized protein YgaQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (187/154); total (189/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
TTCCAAATTAAATACATTAGAATATCTAAACTGTATAACAAATATTATTAATTCTTGTGGAGTTTACCCTCAAGGATTAAAAGACAGAGAAATTATATCAACTTTTCACGCAGAAAAAGTTATTAATGATCTGTTAAAAAACGATTATAAAATTTCCCTTTCTCCAGATACAACTTACCGAGAGTTGAATAAAGCAGCACAGCGTAGCATTACAGCGCCAGACAGGATAGGAGAAAGAAAAACATAGGTTTATCAACGAGATACAATGAT > NC_000913/2786483‑2786752 | tCCAAATTAAATACATTAGAATATCTAAACTGTATAACAAATATTATTAATTCTTGTGGAGTTTACCCTCAAGGATTAAAAGACAGAGAAAGTATATCAAATTTTCACCCAGAAAAAGTTATAAATGATCTGTTaaaaac > 2:705457/1‑139 (MQ=255) aTTAAATACATTAGAATATCTAAACTGTATAACAAATATTATTAATTCTTGTGGAGTTTACCCTCAAGGATTAAAAGACAGAGAAATTATATCAACTTTTCACGCAGAAAAAGTTATTAATGATCTGTT‑AAAAACGATta < 1:2438468/140‑1 (MQ=255) aaTATCTAAACTGTATAACAAATATTATTAATTCTTGTGGAGTTTACCCTCAAGGATTAAAAGACAGAGAAATTATATCAACTTTTCACGCAGAAAAAGTTATTAATGATCTGTT‑AAAAACGATTATAAAATTTCCCttt > 2:1221760/1‑140 (MQ=255) aaTATCTAAACTGTATAACAAATATTATTAATTCTTGTGGAGTTTACCCTCAAGGATTAAAAGACAGAGAAATTATATCAACTTTTCACGCAGAAAAAGTTATTAATGATCTGTT‑AAAAACGATTATAAAATTTCCCttt > 1:400742/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |