| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,021,444 | Δ1 bp | coding (129/2871 nt) | xdhD → | fused putative xanthine/hypoxanthine oxidase: molybdopterin‑binding subunit and Fe‑S binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,021,442 | 0 | T | . | 99.4% | 698.3 / ‑3.5 | 166 | coding (127/2871 nt) | xdhD | fused putative xanthine/hypoxanthine oxidase: molybdopterin‑binding subunit and Fe‑S binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (87/78); total (87/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
AGGAAGCCGTATGATCATCCACTTTACTTTAAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAAC > NC_000913/3021306‑3021577 | gaAGCCGTATGATCATCCACTTTACTTTAAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGttgccg > 2:1873313/1‑136 (MQ=255) aaGCCGTATGATCATCCACTTTACTTTAAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTGTGTACGCAACAGAGATGCTGGTTTCGGG‑TTGCCgg > 2:938306/1‑140 (MQ=255) aaGCCGTATGATCATCCACTTTACTTTAAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGG‑TTGCCgg > 2:2217205/1‑140 (MQ=255) aaGCCGTATGATCATCCACTTTACTTTAAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGG‑TTGCCgg > 1:460268/1‑140 (MQ=255) 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tttactttaAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCttt > 1:592191/1‑140 (MQ=255) tttactttaAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTT‑GGGGATGCCGGTTCTGACGCAATAATCttt > 1:896515/1‑140 (MQ=255) tactttaAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTaa > 1:1939984/1‑140 (MQ=255) tactttaAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTaa > 1:1451530/1‑140 (MQ=255) tactttaAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTaa < 1:1873313/140‑1 (MQ=255) tactttaAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACCCTGTACGCAACAGTGATAATGATAT‑GAGGTTGCCAGTTCCCACGCAATAATCTTTaa > 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1:1409305/1‑140 (MQ=255) tttCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTATGGGCAAAAGGAAAGAGTTAAGTCTGGTTCa > 2:926483/1‑140 (MQ=255) ttCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCTATAATCTTTAACGGTAATATCGTTACCGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCaa < 2:977912/140‑1 (MQ=255) ttCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCaa > 2:2085655/1‑140 (MQ=255) ttCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCaa < 2:87835/140‑1 (MQ=255) tCGGG‑TTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAAc > 2:2414358/1‑140 (MQ=255) | AGGAAGCCGTATGATCATCCACTTTACTTTAAATGGCGCGCCTCAGGAGCTAACCGTTAATCCAGGCGAAAACGTGCAAAAGCTGTTGTTTAACATGGGAATGCACTCTGTACGCAACAGTGATGATGGTTTCGGGTTTGCCGGTTCTGACGCAATAATCTTTAACGGTAATATCGTTAACGCGTCCTTGCTTATTGCCGCACAGTTAGAGAAGGCAGATATTCGTACCGCAGAATCTCTGGGCAAATGGAACGAGTTAAGTCTGGTTCAAC > NC_000913/3021306‑3021577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |