| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,709,415 | (C)7→9 | coding (274/1059 nt) | rsxD → | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,709,408 | 1 | . | C | 88.3% | 452.0 / 46.2 | 145 | coding (267/1059 nt) | rsxD | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/12); new base C (57/71); total (62/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,709,408 | 2 | . | C | 84.8% | 439.9 / 64.3 | 145 | coding (267/1059 nt) | rsxD | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/14); new base C (54/69); total (62/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCGCTAAACAGTTGTATGGCGGTCTGGGACAAAACCCGTTTAATCCGGCAATGATTGGTTATGTGGTCTTACTGA > NC_000913/1709271‑1709538 || ctcGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCATCATTGCTAACAAGCTTATTGCAGGCGGTAAGTATT‑‑‑cc > 1:1182851/1‑140 (MQ=255) gTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑ccc‑c‑‑c < 2:57708/140‑1 (MQ=255) cAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑ccc‑c‑‑c‑‑ccc > 2:280575/1‑139 (MQ=255) aGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑ccc‑c‑‑c‑‑cccc < 1:2031488/140‑3 (MQ=255) gATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑ccc‑c‑‑c‑‑cccct < 2:41191/140‑4 (MQ=255) aTCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTAAGCATTGCTGACAGGCCTATTGCTGGCGGTCAGTATT‑‑‑ccc‑c‑‑c‑‑cccctc > 2:990703/1‑136 (MQ=255) ccTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑CCtcgc > 1:210642/1‑140 (MQ=255) cTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCGGAAGCTCTGTTTCTCAAATTGCGCAAGCGGTCGGTAGTCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑CCtcgcg < 2:901169/140‑2 (MQ=255) cTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑CCtcgcg < 2:1954008/140‑2 (MQ=255) tGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑CCtcgcgc > 2:1602877/1‑138 (MQ=255) gTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑CCtcgcgcc < 1:2230774/140‑4 (MQ=255) ttGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGGCGATGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCa < 1:996711/140‑1 (MQ=255) ttGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCa > 2:2151425/1‑140 (MQ=255) ttGGCATCGGTTAGTCCTCTGTTAGCCGAGGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCa < 1:728774/140‑1 (MQ=255) 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> 1:1864042/1‑140 (MQ=255) aGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTc < 1:1697218/140‑1 (MQ=255) tGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGt < 1:1816640/140‑1 (MQ=255) ctctGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGc < 1:1624008/140‑1 (MQ=255) ctctGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGc < 1:1700207/140‑1 (MQ=255) tGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTTGCGGTAAGTATTGC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑CCGCGCCATAAGGGATGGTCGTGCTgg > 2:1060889/1‑140 (MQ=255) 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tCAAACTACGCAAGCAGTCGGTTGCCGCAACTTTGCAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGatca < 2:780512/140‑1 (MQ=255) cAAACTACGCAAGCAGTCGGTATCCGCAACGCTGATAGATAACTCAGCCTTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCACGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGatcat < 2:937693/140‑1 (MQ=255) aaCTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCg < 1:2433829/140‑1 (MQ=255) aaCTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCg < 1:2311342/140‑1 (MQ=255) tACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAGGCTTATTGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGttt < 2:2412012/124‑1 (MQ=255) 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1:1883414/140‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCGCTAAACAGTTGTATGGCGGTCTGGGACAAAACCCGTTTAATCCGGCAATGATTGGTTATGTgg < 1:1485248/140‑1 (MQ=255) tGGCGGTAAGTATT‑‑‑CCC‑C‑‑C‑‑CCCTTCGCGCAATGGTGGTTGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCGCTAAACAGTTGTATGGCGGTCTGGGACAAAACCCGTTTAATCCGGCAATGATTGGTTATGTGGTCt < 1:851924/140‑1 (MQ=255) ggCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCGCTAAACAGTTGTATGGCGGTCTGGGACAAAACCCGTTTAATCCGGCAATGATTGGTTAtg > 1:449280/1‑133 (MQ=255) ggCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCGCTAAACAGTTGTATGGCGGTCTGGGACAAAACCCGTTTAATCCGGCAATGATTGGTTAtg < 1:1253140/133‑1 (MQ=255) ggCGGTAAGTATTCC‑CCC‑C‑‑C‑‑CC‑‑TCGCGCCATGGTGGATGGTCGTGCTGGGTACGGTGTTTGCGGTGATCATCGCTAAACAGTTGTATGGCGGTCTGGGACAAAACCCGTTTAATCCGGCAATGATTGGTTAtg < 2:449280/133‑1 (MQ=255) 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NC_000913/1709271‑1709538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |