| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,405,417 | (C)6→7 | intergenic (‑345/+286) | nuoA ← / ← lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,405,411 | 1 | . | C | 89.1% | 563.6 / 56.9 | 184 | intergenic (‑339/+292) | nuoA/lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/5); new base C (77/86); total (93/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
ATCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCC‑T‑C‑C‑CC‑CCAAAAGAGAGTATTTTCTTGATCTGTGACACGCTTTTGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGT > NC_000913/2405272‑2405543 | tCAACACCATTAGCATTTAATGTCCTTTCTCCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATtcc‑t‑c < 1:871285/140‑1 (MQ=255) tCAACACCATTAGCATTTAATGGCCATTCGCCCCAGAGCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATtcc‑t‑c < 1:892408/140‑1 (MQ=255) acacCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCC‑T‑c‑c‑cc > 2:1336757/1‑140 (MQ=255) acacCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCC‑T‑c‑c‑cc > 1:2173088/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |