| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,148,428 | (A)6→7 | coding (532/1041 nt) | gpr → | L‑glyceraldehyde 3‑phosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,148,422 | 1 | . | A | 94.3% | 458.7 / 15.4 | 142 | coding (526/1041 nt) | gpr | L‑glyceraldehyde 3‑phosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base A (65/68); total (69/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TGTCGATATCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑AA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGATAAAAGCGGCCTGCTGGATACCCTGCAAAATAACGGCGTGGGCTGT > NC_000913/3148289‑3148553 | tGTCGATATCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑aa‑aaa‑a > 2:1565438/1‑140 (MQ=255) gTCGATATCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑aa‑aaa‑aa > 1:2449265/1‑139 (MQ=255) tCGATATCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑aa‑aaa‑aat < 1:2234106/140‑3 (MQ=255) ccGATATCTTTTCCTCTAATCGAGTCGATGAAAATCCGCCGATGGAAACAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑aa‑aaa‑aat < 2:740425/139‑3 (MQ=255) atatCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑aa‑aaa‑aatggt > 1:1721251/1‑135 (MQ=255) atatCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑aa‑aaa‑aatggt > 2:1769818/1‑135 (MQ=255) tatCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTc > 1:2149106/1‑140 (MQ=255) tCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGa < 1:548991/140‑1 (MQ=255) cTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAg < 1:1868083/140‑1 (MQ=255) tttACTCTCATCGCGTCAATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGACGAGtt > 2:2145896/1‑140 (MQ=255) ttACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTCCCCGCCAGAGCGAACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTtg > 2:1101775/1‑140 (MQ=255) ttACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTtg > 1:1458750/1‑140 (MQ=255) ctcATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTgcg < 2:1640086/140‑1 (MQ=255) tcATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTgcgc < 1:167881/140‑1 (MQ=255) tcATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTgcgc > 2:1991056/1‑140 (MQ=255) 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aaaTACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCg < 1:1991056/140‑1 (MQ=255) aaaTACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCg < 2:2209524/140‑1 (MQ=255) aaTACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGc < 2:1468370/140‑1 (MQ=255) ccGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTcc > 1:339774/1‑132 (MQ=255) ccGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTcc < 2:339774/132‑1 (MQ=255) aTGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATtc > 1:1635539/1‑140 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1:302603/140‑1 (MQ=255) agcGCCAGAGCGGACCC‑AA‑AAAGATTGTCGAGTTGCTTCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGATAAAAGCGGCCTGCTGGATACCCTGCAAAATAACGGc < 1:979724/138‑1 (MQ=255) tCGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGATAAAAGCGGCCTGCTGGATACCCTGCAAAATAACGGCg < 1:65237/140‑1 (MQ=255) cGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGTTAACAGCGGCCTGCTGAATACCCTGCAAAATAACGGCGt > 2:817615/1‑140 (MQ=255) cGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGATAAAAGCGGCCTGCTGGATACCCTGCAAAATAACGGc > 2:1242853/1‑138 (MQ=255) cGCCAGAGCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGATAAAAGCGGCCTGCTGGATACCCTGCAAAATAACGGc < 1:1242853/138‑1 (MQ=255) 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2:2229753/1‑140 (MQ=255) agCGGACGCAAA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGGGGATAAAAGCGGCCTGGTGGATACCTTGCAAAATAACGGCGTGGGCTg > 2:1021634/1‑140 (MQ=255) | TGTCGATATCTTTTACTCTCATCGCGTCGATGAAAATACGCCGATGGAAGAAACCGCCTCTGCGCTGGCTCATGCGGTACAAAGCGGTAAGGCGCTGTATGTCGGGATCTCCTCTTACTCGCCAGAGCGGACGC‑AA‑AAA‑ATGGTCGAGTTGCTGCGCGAGTGGAAAATTCCGCTGTTAATTCATCAACCTTCGTACAATTTACTGAACCGCTGGGTGGATAAAAGCGGCCTGCTGGATACCCTGCAAAATAACGGCGTGGGCTGT > NC_000913/3148289‑3148553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |