| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 858,019 | (G)5→6 | coding (1043/1266 nt) | ybiU ← | DUF1479 domain‑containing protein YbiU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 858,014 | 1 | . | G | 99.0% | 351.2 / ‑3.9 | 99 | coding (1048/1266 nt) | ybiU | DUF1479 domain‑containing protein YbiU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (51/47); total (52/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AGTCCTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑GG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATACTCTTCCGGGCGCTA > NC_000913/857876‑858148 | aGTCCTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑g < 1:1304745/140‑1 (MQ=255) cTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggg > 2:310352/1‑140 (MQ=255) cTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggg > 1:325377/1‑140 (MQ=255) cTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggg > 1:1885569/1‑140 (MQ=255) cTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggg < 1:9285/140‑1 (MQ=255) cTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTGTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggg < 2:1130053/140‑1 (MQ=255) tCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑gggg < 2:535507/140‑2 (MQ=255) cgcgcgGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggggc > 1:572823/1‑138 (MQ=255) gcgcgGGAAGTCGCCCGTCGATACGCCTTTTCCCATTGCAGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggggca < 2:711254/140‑4 (MQ=255) gcgcgGGAAGTCGCCCGGCGATTCGCCTTTTTCCAGTACGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggggca < 1:858577/140‑4 (MQ=255) cgcgGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑gg‑ggggcaa < 1:2008754/140‑5 (MQ=255) cGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGAt > 1:1787558/1‑140 (MQ=255) ggCGATGCGCCTTTTTCGAGTGAGGCCTTCAGCTTTTGCGCGTAGGCATGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGt < 2:837183/140‑1 (MQ=255) gATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGc < 1:2462605/140‑1 (MQ=255) aaTGCGCCTTTTTCCAGTGCGGGCTGCACATTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGc < 1:1011206/139‑1 (MQ=255) 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cGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGCATGACGTCGCAGTCCCACCAGACGGAGtc > 1:934915/1‑140 (MQ=255) cGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACAGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGtc > 2:2225047/1‑140 (MQ=255) gCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGtctc > 2:2107737/1‑140 (MQ=255) gCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGtctc > 2:1617890/1‑140 (MQ=255) cACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCt < 2:1988200/140‑1 (MQ=255) ccTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTc < 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cgTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTgg > 2:1527919/1‑140 (MQ=255) cgTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTgg > 1:1651247/1‑140 (MQ=255) tAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGaa > 2:513385/1‑140 (MQ=255) tAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGaa > 1:1506009/1‑140 (MQ=255) tAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGaa > 2:1835361/1‑140 (MQ=255) ggCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATg < 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1:172752/1‑140 (MQ=255) cGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATAc > 1:2418585/1‑140 (MQ=255) ttGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCg > 1:1388178/1‑140 (MQ=255) tGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCGACGGG‑GGGTAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCgg < 2:724917/140‑1 (MQ=255) tGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCgg > 1:406195/1‑140 (MQ=255) tGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCgg > 2:2236405/1‑140 (MQ=255) 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1:2318414/140‑1 (MQ=255) cAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAATGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATa < 1:513385/140‑1 (MQ=255) cAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATa > 2:1276694/1‑140 (MQ=255) cAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATa < 2:1724722/140‑1 (MQ=255) cAACCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATa > 2:1876496/1‑140 (MQ=255) aCCTTGTTGA‑TTTTCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGCTGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATAct < 2:1460583/140‑1 (MQ=255) 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tCAACGGG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATACTCTTCCGGGCGCTa > 1:2490515/1‑140 (MQ=255) | AGTCCTCGCGCGGGAAGTCGCCCGGCGATGCGCCTTTTTCCAGTGCGGCCTTCACCTTGTGCGCGTAGGCAAGATTTTTCTCGCACATCGGTGCCGCAGGAATGTACATCACGTTGCCCCAACCTTGTTGA‑TTTTCAAC‑GG‑GGGCAACGGAATGGATGACGTCGCAGTGCCACCAGACGGAGTCTCCGGCTTCGAGTTTTGGAATGCTGGTTAACGCCTCAATCAACAGTGGATGCCATTGCTCTGATACCGGCAATACTCTTCCGGGCGCTA > NC_000913/857876‑858148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |