| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,633 | T→C | pseudogene (3454/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,633 | 0 | T | C | 98.9% | 306.0 / ‑4.9 | 89 | pseudogene (3454/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (40/48); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CATCCAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑T‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCATTTGGGCTAATGCTGGTTAACGCATTGTAGCGTGCATTAAGCCCCTCGATAGCCAGCGTTCCCCCTGTAACATTCAGGTTTCCGCCACCTGTCAGTTCACCCTGACTGATCCCA > NC_000913/1594498‑1594769 | cATCCAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑c‑‑‑‑atta > 2:2008950/1‑140 (MQ=255)cATCCAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTAATTGGCATTATTTCGTCTGCCAAACCCCTGAG‑c‑‑‑‑atta > 1:715984/1‑140 (MQ=255) aTCCAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑c‑‑‑‑attat > 2:1386876/1‑140 (MQ=255) tCCAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTTATTTGCATTATTTCCTATGCCCAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATc > 2:1128455/1‑140 (MQ=255) ccAACTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCg > 1:4753/1‑140 (MQ=255) aCTCTACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAgg > 1:1913049/1‑140 (MQ=255) tctACATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATAGCTTTCGCGCTTATGGTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCt < 2:1155051/140‑1 (MQ=255) cATCTGTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACt > 1:1897928/1‑140 (MQ=255) gTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGc > 2:1057900/1‑140 (MQ=255) gTCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGc > 2:430031/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTTCCTAACACCTGAG‑T‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 1:1155051/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 2:1877301/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 1:18487/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 2:29759/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 1:529640/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 1:1349500/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTATCGAGGCTGACTTCCGCa > 2:555536/1‑140 (MQ=255) tCCTGGCGGCTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATTCTATTACGCAGTTCGCCAGGCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCCGCCTAACCCCTGAG‑C‑‑‑‑ATTTTCGAGGCTGGCTTCCCCa > 2:127095/1‑140 (MQ=255) ccTGGCGGTTGCGCTCACGATACCCTTCCCGCTTATGCTATTACGCAGTTCGCCAGTCACGTTTTTTAGCGTTAACAGACCGTCATTGGCAATATTTCCTCTGCCTAACCCCTGAGCTGAGCATTATCGAGGCTGACTTc > 2:230282/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |