| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,632,949 | C→T | A20A (GCC→GCT) | ynfT → | Qin prophage; protein YnfT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,632,949 | 0 | C | T | 99.1% | 247.9 / NA | 108 | A20A (GCC→GCT) | ynfT | Qin prophage; protein YnfT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (64/43); total (65/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATA > NC_000913/1632841‑1633051 | aaaaaTTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCCGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGTATTGGCATATCCAATa > 2:1097627/1‑140 (MQ=255) gTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGa < 2:71012/140‑1 (MQ=14) gTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGa > 1:508839/1‑140 (MQ=17) tatCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCg < 1:31299/140‑1 (MQ=14) 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AAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATA > NC_000913/1632841‑1633051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |